Industrijski mikrobiolog, včasih imenovan tudi biotehnolog, uporablja mikroskopske organizme pri proizvodnji in proizvodnji tržnih izdelkov za komercialno uporabo. Ta položaj se uporablja pri ustvarjanju številnih običajnih gospodinjskih predmetov, kot so čistila, antibiotiki in živila. Zahteve za delovna mesta se razlikujejo glede na industrijo zaposlovanja in lahko od zaposlenih zahtevajo, da izvajajo raziskave in razvijajo nove izdelke z uporabo mikrobnega inženiringa. Mikrobiologi so zaposleni v vseh vidikih živilske industrije, farmacevtskih družb in sistemov za obdelavo odpadkov.
Organizmi, ki se običajno uporabljajo pri tej vrsti proizvodnje, so glive, virusi, protozoji, bakterije in alge. Ti mikrobi se lahko uporabljajo za razgradnjo večjih organskih materialov in sintetiziranje novih spojin s pomočjo njihove naravne sposobnosti, da sprožijo nove kemične reakcije v materialih, s katerimi so v interakciji. Industrijski mikrobiolog je usposobljen za razvoj teh reakcij v nadzorovanem okolju za različne namene. Morda se ukvarja tudi z zaščito izdelkov pred invazijo teh organizmov. Na primer, antibakterijski izdelki in konzervansi so zasnovani tako, da preprečujejo rast bakterij na površinah in v nekaterih živilih.
Industrije, ki zaposlujejo industrijskega mikrobiologa, med drugim vključujejo ravnanje z odpadki, pivovarne, pekarne in farmacevtske izdelke. Alge in bakterije se naravno hranijo z organskimi iztrebki in se pogosto vnašajo v čistilne naprave za čiščenje vode in razgradnjo večjih količin odpadkov. Kvas je mikroskopska življenjska oblika, ki je odgovorna za proces fermentacije, ki ustvarja vsebnost alkohola v pivu in velik del njegovega okusa. Ta gospodinjski organizem je tudi razlog, da kruh, žemljice in testo narastejo, če jih pustimo sedeti in segreti. Različne vrste antibiotikov nastanejo s postopkom fermentacije mikroorganizmov, znanih kot aktinomicete.
Ti biotehnologi so ključni pri proizvodnji večine cepiv. Cepivo se običajno ustvari z izolacijo določenih delov virusne DNK in injiciranjem v zdravega posameznika. Imunski sistem telesa analizira tuje DNK in začne proizvajati protitelesa, ki jo bodo uničila. Ko se cepljeni bolnik na koncu sreča s polno obliko virusa, je njegovo telo že pripravljeno na boj proti bolezni. Na primer, virusni sev gripe se sezonsko spreminja in redno je treba ustvarjati novo cepivo za boj proti vsakemu novemu sevu, saj okuži splošno prebivalstvo.
Industrijski mikrobiolog je lahko odgovoren za raziskave, testiranje izdelkov, nadzor kakovosti, razvoj izdelkov in genski inženiring. Ta poklicna pot zahteva dokončanje višješolske stopnje s pouki, ki se osredotočajo na biologijo, mikrobiologijo in biokemijo. Nekatere zaposlitve zahtevajo tudi, da imajo kandidati tudi magisterij iz mikrobiologije, čeprav to ni industrijski standard.