Lekarniški računovodja je odgovoren za evidentiranje, vzdrževanje in usklajevanje finančnih obveznosti te posebne vrste poslovanja. Naloge povprečnega lekarniškega računovodje vključujejo sledenje zneskov, ki jih lastniki lekarn dolgujejo drugim prodajalcem. To delo zahteva tudi, da računovodje evidentirajo vsa neporavnana stanja na računu vsake stranke. Ti računovodje svoje stranke obveščajo tudi o morebitnih obstoječih davčnih obveznostih, ki jih je treba plačati vsako leto. Druge računovodske zahteve lahko vključujejo vodenje evidence inventarja in pripravo plačilnih pregledov za tehnike in farmacevte podjetja.
Tipični farmacevtski računovodja dobro pozna lokalne in nacionalne davčne predpise, ki veljajo za to specifično panogo. Lekarne so včasih podvržene večjim davčnim obveznostim kot druge vrste podjetij, izkušeni računovodja pa lahko lastnikom običajno pomaga pri pravočasnih plačilih, hkrati pa se izogne kazni. Nekatere naloge vključujejo tudi oblikovanje načrta za lastnika lekarne za povečanje letnega dobička in zmanjšanje nepotrebnih operativnih stroškov.
Poleg postopkov davčne prijave opis delovnega mesta vključuje rutinske knjigovodske naloge za spremljanje prihodkov in odhodkov podjetja. Ti računovodje običajno vodijo knjige mesečnih bremenitev in kreditov ter prihajajočih datumov plačil. Ker lekarne pogosto izdajajo zdravila, ki jih pokrivajo police zdravstvenega zavarovanja, mora tudi lekarniški računovodja v večini primerov običajno zabeležiti tovrstne podatke. Ta finančna poročila običajno navajajo zneske, ki jih bodo plačali zavarovalni načrti strank, v primerjavi z morebitnimi preostalimi zneski, ki jih je treba plačati lekarni iz lastnega žepa.
Farmacevtski računovodje imajo lahko druge delovne naloge, zaradi katerih morajo uskladiti obstoječe zaloge zdravil z evidenco zneskov, plačanih dobaviteljem. Večje lekarne lahko zaposlijo ločenega inventarja, ki opravi fizične inventure in te podatke predstavi računovodji. Računovodja običajno zabeleži številke vsakega lekarniškega artikla in poskrbi, da se cene vsakega pravilno seštejejo. Računovodje morajo vedeti tudi, kje najti pogoste napake v evidenci in kako jih popraviti. Lekarne z manjšimi zalogami lahko tako fizični inventar kot finančno uskladitev prepustijo računovodji.
Plače so še ena pogosta odgovornost lekarniškega računovodje. Številne lekarne zahtevajo, da računovodja spremlja delovne ure zaposlenih, posamezne stopnje plače in običajno zadržane davke na izplačane plače. Tovrstna delovna dolžnost pogosto vključuje pripravo, izdajo in evidentiranje plač na določene plače v lekarni. Računovodja lahko poskrbi tudi za elektronske neposredne depozite na bančne račune zaposlenih v lekarni.