Kirurški posegi bodo odstranili bradavice, a ker ne pozdravijo virusa, ki povzroča bradavice, humanega papiloma virusa (HPV), se bradavice lahko vrnejo. Bradavice je mogoče kirurško odstraniti z elektrokirurgijo in kiretažo ali lasersko operacijo. V večini primerov se kirurško odstranjevanje bradavic izvaja ambulantno in zahteva le lokalno anestezijo.
Zdravniki običajno priporočajo vrsto odstranjevanja bradavic, za katero menijo, da je najmanj verjetno, da bo povzročila brazgotinjenje. Na primer, plantarne bradavice rastejo na podplatih; ko rastejo v grozdih, jih imenujemo mozaične bradavice. S kirurškimi metodami lahko odstranitev plantarne bradavice povzroči znatne brazgotine, zato zdravniki priporočajo operacijo šele, ko metode nekirurškega odstranjevanja bradavic niso uspele.
Pri elektrokirurgiji in kiretaži zdravnik vstavi iglo na bradavico. Pri postopku, znanem kot elektrodesikacija, se tkiva bradavice sežgejo z električnim tokom, ki prehaja skozi iglo. S kireto, instrumentom, podobnim žlici z ostrimi robovi, nato postrgamo preostalo odmrlo tkivo. Po operaciji morate območje vzdrževati čisto in suho.
Elektrokirurgija in kiretaža sta učinkovita metoda za kirurško odstranjevanje bradavic, ki traja le 30 minut ali več. V primerjavi z lasersko kirurgijo je ta poseg relativno poceni. Najpogostejši stranski učinek elektrokirurgije in kiretaže je brazgotinjenje. Drugi možni neželeni učinki vključujejo poškodbe živcev, počasno celjenje in tveganje okužbe.
Pri laserski kirurgiji zdravnik uporablja žarek svetlobe visoke intenzivnosti za kirurško odstranitev bradavice. Pri tej operaciji se uporabljata dve vrsti laserjev: impulzni laserji z barvilom in laserji z ogljikovim dioksidom. Laserji z impulznim barvilom napadajo krvne žile bradavice, jo izstradajo in odpadejo. Za uspešno odstranjevanje bradavic so pogosto potrebni ponavljajoči se tretmaji z pulznimi laserji. Laserji z ogljikovim dioksidom delujejo kot skalpel za odstranitev bradavice in zahtevajo samo eno zdravljenje.
Za trdovratne bradavice ali za več bradavic, ki so razširjene na širokem območju, je laserska kirurgija najboljša metoda kirurškega odstranjevanja bradavic. Ne samo, da je učinkovit pri običajnih bradavicah in plantarnih bradavicah, ampak deluje tudi pri odstranjevanju genitalnih bradavic. Laserska operacija pa je draga, čas okrevanja pa lahko traja do pet tednov. Druga pomanjkljivost laserske kirurgije je, da lahko izniči vso imunost, ki jo je telo zgradilo proti bradavicam na prizadetem območju, zaradi česar je verjetnejša ponovna rast bradavic.