Zgodovino imunologije je mogoče zaslediti v pisnih zapisih vse do 5. stoletja pred našim štetjem v Grčiji, kjer so bili zbrani dokazi o posameznikih, ki so preboleli kugo in so bili pozneje nanjo sicer imuni. Grški zgodovinar Tukidid, ki je živel od 460 do 400 pr.n.št., je zaslužen, da je prvi dokumentiral to odkritje. V zgodovini imunologije so od te točke naprej kulture v tako oddaljenih krajih, kot sta Kitajska in Otomansko cesarstvo, vse do konca 18. stoletja izvajale več eksperimentalnih metod imunizacije ljudi. Sodobna zgodovina imunologije se začne od te točke leta 1796, ko je angleški zdravnik Edward Jenner razvil prvo zanesljivo metodo cepljenja proti črnim kozam.
Uporaba imunologije je osredotočena na cepljenje posameznikov z vsaditvijo oslabljene oblike bolezni v telo, da se spodbudi dolgotrajna odpornost in naravni imunski odziv nanjo. V tem pogledu lahko enega najbolj razširjenih in sistematičnih pojavov v zgodovini imunologije najdemo na Kitajskem v 10. stoletju. Črne koze so bile takrat na Kitajskem zelo razširjena bolezen, za zdravljenje pa so uporabljali postopek variacije. Različnost se nanaša posebej na brazgotine, ki jih črne koze ustvarjajo na površini kože, kitajska praksa pa je vključevala jemanje materiala iz lezij črnih koz in vdihavanje zdravih ljudi ali vsaditev pod kožo, da bi spodbudili imunski odziv. Enako prakso je leta 1670 sprejelo Otomansko cesarstvo, vendar zaradi pomanjkanja standardizacijskih variacij občasno ni uspelo zaščititi zdravega posameznika ali pa je na koncu prinesel samo bolezen črnih koz.
Iz Otomanskega cesarstva je imunološko usposabljanje prevzela Anglija prek žene angleškega veleposlanika pri Otomanih, lady Mary Wortley Montague. Sama je bila okužena z črnimi kozami, a je bolezen preživela in postala zagovornica variacije. Leta 1718 je zdravnikom naročila, naj ga uporabljajo za zaščito njenega sina in kasneje hčerke v prisotnosti angleškega kralja.
Angleška krona je pozneje s postopkom eksperimentirala na zapornikih in ti so preživeli, zato se je praksa razširila po britanskih otokih v zgodnjih 1700-ih, do leta 1740 pa je prečkala Atlantik in se uporabljala v Ameriki. Tako Benjamin Jesty, angleški kmet, kot Edward Jenner, angleški znanstvenik, sta leta 1774 in 1796 izboljšala postopek z uporabo virusa kravjih koz, ki ni bil škodljiv za ljudi. Ta sorodni virus je služil za inokulacijo posameznikov proti črnim kozam, kar je zgodovino imunologije popeljalo do stopnje, ko je bilo zdravljenje ljudi varno in široko učinkovito.
Od te točke naprej so se razvile vrste imunologije za druge bolezni. Zgodovina imunologije vključuje delo Roberta Kocha, podeželskega nemškega zdravnika iz leta 1875, ki je iskal zdravljenje za tuberkulozo. Prelomni trenutek v zgodovini imunologije velja za leto 1878, ko je Louis Pasteur, francoski kemik, potrdil teorije o obstoju mikrobov in njihovi vzročnosti pri človeških boleznih. Pasteur je zaslužen za razvoj cepiv za steklino in antraks ter za izpopolnjevanje postopka segrevanja in hitrega hlajenja za sterilizacijo mleka in vina, ki je postalo znano kot pasterizacija.
Imunološko izobraževanje in širjenje znanja veljata za ključni element razvoja civilizacije, zlasti v primeru črnih koz. Znano je, da so črne koze opustošile človeško populacijo že pred 10,000 leti pred našim štetjem v severovzhodni Afriki, od tam pa so se razširile v Egipt in Kitajsko okoli 1,000 pr.n.št. ter na Japonsko od leta 500 pred našim štetjem. Zgodovina imunologije sledi širjenju črnih koz, ko je med letoma 400 in 600 AD dosegla evropsko celino, do leta 1500 pa je zajela celotno celino. V 1700-ih naj bi črne koze po vsem svetu ubile najmanj 400,000 ljudi.
Zgodovina razvoja imunologije je sledila neposredno za petami zahodne civilizacije, ki je utrpela ogromne izgube zaradi razširjenih bolezni, kot sta črne koze in črna kuga. Verjame se, da so te nalezljive bolezni zavirale napredek družbe na splošno. Od leta 2010 pa Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) ocenjuje, da se s cepljenjem letno reši 2,500,000 življenj. To vključuje zaščito pred boleznimi, kot so davica, oslovski kašelj in tetanus.