Pravilno zdravljenje ustne ciste bo odvisno od vrste ciste in njenega vzroka. Večinoma ciste ne zahtevajo zdravljenja, saj ne škodijo in se lahko celo popolnoma izginejo same. V drugih primerih bo treba cisto odstraniti in po možnosti narediti biopsijo, da se zagotovi, da ni rakasta ali predrakasta. To še posebej velja za ciste, ki jih najdemo v zadnjem delu ust ali žrela.
Ciste so benigne tvorbe, ki rastejo pod kožo. Lahko so trdi ali napolnjeni s tekočino in se lahko pojavijo kjer koli na telesu. Ustna cista je tista, ki se pojavi v ustih ali žrelu. Večina vrst ustne ciste ni škodljiva in so običajno majhne. Te majhne mase se običajno samo spremljajo, da se zagotovi, da se ne povečajo. Včasih izginejo po nekaj mesecih ali letih.
Če se cista v ustih še naprej povečuje, jo bo morda treba kirurško odstraniti. To je lahko potrebno, če velikost ciste začne ovirati sposobnost žvečenja ali požiranja ali če postane boleča. Izjemno velike ciste lahko vplivajo na človekovo sposobnost dihanja ali pa popačijo videz obraza. Cista te velikosti je razmeroma redka in jo običajno izreže kirurg, pri čemer se odstrani čim več ciste.
V nekaterih primerih se lahko zdi, da je ustna cista rak v ustih ali grlu. Obe bolezni se običajno pojavita dlje v ustih ali žrelu in sta najpogostejši pri ljudeh, ki uporabljajo tobačne izdelke. Grude, ki ustrezajo opisu raka, se običajno odstranijo in naredijo biopsija. Biopsija vključuje odstranitev celic iz mase in ogled pod mikroskopom, da ugotovimo, ali so rakave. Tisti, ki so odločeni, da imajo raka ustne votline, bodo prejeli dodatno zdravljenje.
Večine ustne ciste ne povzroča rak, rak ustne votline pa je pri nekadilcih izjemno redek. Kljub temu se morajo tisti, ki opazijo maso katere koli velikosti, posvetovati z zdravnikom, da izključijo resne zdravstvene težave. Če cista postane boleča, rdeča ali se zdi, da je napolnjena s gnojem, to kaže na okužbo. Večina okužb v ustih se pojavi, ko se dlesni vnamejo ali raztrgajo ali ko se usta na nek način poškodujejo. Poleg tega so rane v ustih pogostejše pri tistih z določenimi zdravstvenimi težavami, zato je treba tiste, ki opazijo pogoste ali boleče ciste, pregledati za osnovne vzroke.