Vrsta zdravljenja, ki se uporablja za trebušno cisto, je običajno odvisna od vrste ciste. Fetalne trebušne ciste običajno ne zahtevajo zdravljenja in se izginejo same. Pri cistah na jajčnikih se zdravljenje lahko giblje od pogostega spremljanja samo do hormonskega zdravljenja do operacije. Tako mezenterične ciste, ki se pojavijo v peritoneju na zadnji steni trebuha, kot omentalne ciste, ki se razvijejo v sprednji steni trebuha, običajno zahtevajo operacijo za odstranitev. V primeru mezenteričnih cist je pogosto potrebna tudi dodatna operacija resekcije črevesja ali črevesja.
Fetalne trebušne ciste so nekatere najpogostejše vrste, zlasti pri dojenčkih, ki so bili izpostavljeni visoki ravni hormonov v maternici. Ko se otrok rodi, se te benigne ciste običajno raztopijo same in ne potrebujejo nadaljnjega zdravljenja. V redkih primerih bo cista dovolj velika, da predstavlja grožnjo za dojenčka, ali pa se preprosto ne izprazni sama, nato pa bo morda potrebna operacija za njeno odstranitev.
Ciste na jajčnikih so tudi precej pogoste, njihovo zdravljenje pa je pogosto odvisno od tega, kako hude so. Prvi način ukrepanja je običajno opazovanje in spremljanje morebitne rasti in jim omogočiti, da se sami razrešijo. To se morda ne zgodi, vendar dokler ciste ne povzročajo težav, zdravljenje morda ne bo potrebno.
Če ciste na jajčnikih rastejo, se lahko dajo peroralni kontraceptivi, da se ustavi njihova rast in zmanjša. Za lajšanje neugodja, ki ga povzročajo, so morda potrebna tudi zdravila proti bolečinam. Pri večjih cistah, ki povzročajo hude bolečine ali krvavitve in se ne odzivajo na kontracepcijske tablete, bo morda potrebna operacija. Odvisno od situacije se lahko to naredi laparoskopsko ali skozi večji rez na trebušni steni.
Mezenterična ali omentalna trebušna cista je lahko asimptomatska, vendar tiste, ki potrebujejo zdravljenje, običajno zahtevajo kirurško odstranitev. Mezenterične ciste nastanejo v delu peritoneja, znanem kot mezenterij, zaradi česar so pogosto v neposredni bližini črevesja in črevesja. V mnogih primerih to pomeni, da bo ob odstranitvi ciste potrebno tudi resekcijo črevesja ali črevesja. Omentalne ciste, ki jih običajno najdemo v sprednji steni trebuha, je običajno mogoče odstraniti brez kakršnega koli dodatnega vpliva na bližnje organe.