Ker so ciste epifize običajno benigne, jih običajno prezremo. Če se nadaljuje, je najpogostejše zdravljenje kirurška odstranitev. Zdravljenje je običajno potrebno le v izjemno redkih primerih, ko je cista tako zrasla, da ovira pravilno delovanje drugih delov možganov. V zelo redkih primerih se lahko odstrani zaradi raka.
Obstajata dve glavni vrsti zdravljenja ciste epifize, ki je videti problematična. Če bi zdravnik želel pregledati material iz rasti, ga običajno zberejo z biopsijo. V hujših primerih je mogoče odstraniti čim več ciste iz možganov, preden se pregleda tkivo.
Cista epifize se najpogosteje odkrije med slikanjem z magnetno resonanco (MRI) ali računalniško aksialno tomografijo (CAT), ki se izvaja iz drugega razloga. V večini primerov bo zdravnik opazil velikost ciste in poskušal ugotoviti, ali ima značilnosti tumorja. Če je mogoče ugotoviti, da je rast benigna, zdravljenje običajno ni potrebno. V mnogih primerih bo zdravnik želel občasno preverjati, ali je cista zrasla. Če še naprej raste, se lahko izvede operacija za odstranitev, preden postane dovolj velika, da povzroča težave.
Kadar s skeniranjem ni mogoče ugotoviti, da je rast benigna masa, kot je cista epifize, je običajno naslednji korak biopsija. V tem primeru se operacija za popolno odstranitev mase izvede le, če se ugotovi, da je rakasta. Kadar je velika masa, jo najpogosteje odstranimo brez predhodnega pregleda materiala, še posebej, če povzroča resne težave.
V redkih primerih je cista epifize lahko simptomatska. Običajno je to zato, ker je cista tako zrasla, da je pritisnila v druge dele možganov. Takšna rast lahko povzroči simptome, ki segajo po resnosti od slabosti in glavobola do kome. Velike pinealne ciste lahko povzročijo tudi težave z vidom.
Cista epifize je izrast z gladkimi stranicami, ki se pojavi na ali blizu epifize. To je pogost pojav, vrečke, napolnjene s tekočino, pa so običajno majhne. V mnogih primerih se ne odkrijejo do smrti zaradi drugih vzrokov. Najdemo jih lahko v kateri koli starosti, vendar so pogostejši pri bolnikih srednjih let. Ciste so tudi nekoliko pogostejše pri ženskah.