V večini primerov okužba prebavil izgine sama po nekaj dneh in ne zahteva posebnega zdravljenja. Ustrezna hidracija je pomembna, zato je treba med okrevanjem zaužiti veliko tekočine. Za zdravljenje slabosti, povezane z okužbo prebavil, se lahko uporabljajo zdravila brez recepta ali na recept, čeprav zdravila za zdravljenje driske običajno niso priporočljiva. Glede na vzrok okužbe se lahko predpišejo antibiotiki, protivirusna zdravila ali protiparazitska zdravila. O vseh posebnih vprašanjih ali pomislekih glede najboljših možnosti zdravljenja okužb prebavil za posamezno situacijo se je treba pogovoriti z zdravnikom ali drugim zdravstvenim delavcem.
Ohranjanje ustrezne hidracije je ena od glavnih skrbi, ko je prisotna okužba prebavil. Pitje veliko tekočine je pogosto dovolj, da preprečimo dehidracijo. Poleg vode in sadnih sokov se lahko priporoča juha ali juha. S kombiniranjem teh živil in pijač se v telesu nadomestijo tako tekočine kot elektroliti. Če pride do dehidracije, bo bolnik morda moral prejemati intravenske tekočine v bolnišničnem okolju.
Slabost in driska sta najpogostejša simptoma, povezana z okužbo prebavil. Če slabost postane huda in je težko zadržati tekočino, so lahko v pomoč zdravila proti slabosti ali zdravila brez recepta. Uporaba zdravil, namenjenih zdravljenju driske, se običajno odsvetuje, saj bi to upočasnilo izstop vira okužbe.
Antibiotiki se običajno ne predpisujejo za bakterijsko okužbo prebavil pri sicer zdravi osebi. Ta zdravila imajo nagnjenost k povečanju resnosti simptomov, kot je driska. Tistim z oslabljenim imunskim sistemom se lahko dajo antibiotiki, saj bi koristi odtehtale možna tveganja. Zdravila proti parazitom se lahko predpišejo, če se ugotovi, da je okužbo povzročil parazit, ali pa protivirusna zdravila za virusne okužbe.
Najboljše možnosti zdravljenja med okužbo prebavil sta običajno zadosten vnos tekočine in veliko počitka. To je razmeroma pogosta težava in običajno izzveni sama od sebe v enem tednu. Če simptomi vztrajajo ali postanejo resni, se je treba posvetovati z zdravnikom za nadaljnjo zdravniško oceno. Za lajšanje simptomov se lahko predpišejo zdravila ali pa je indicirano kratko bivanje v bolnišnici, če dehidracija postane huda in je ni mogoče ustrezno zdraviti doma. Vedno je najbolje, da okužbo diagnosticira zdravnik, saj imajo lahko nekatera resnejša zdravstvena stanja podobne simptome.