Zdravljenje fibroidne ciste je odvisno od resnosti simptomov in od tega, ali želi prizadeta ženska ohraniti plodnost. Hormonsko nadomestno zdravljenje je pogosto prva linija zdravljenja, čeprav je pogosto potreben kirurški poseg. Histerektomija ali popolna odstranitev maternice je najpogostejša vrsta kirurškega posega pri fibroidni cisti, čeprav zaradi tega ženska postane trajno neplodna. Miomektomija se lahko izvede, če želi ženska ohraniti plodnost in vključuje odstranitev fibroidov, pri tem pa maternica ostane nedotaknjena. O vseh vprašanjih ali pomislekih glede najprimernejših možnosti zdravljenja fibroidnih cist v posamezni situaciji se je treba pogovoriti z zdravnikom ali drugim zdravstvenim delavcem.
Hormonsko nadomestno zdravljenje je standardna metoda zdravljenja, ko se odkrije fibroidna cista. Nekateri hormoni lahko pomagajo zmanjšati velikost fibroidov, medtem ko lahko drugi pomagajo zmanjšati nekatere boleče simptome, povezane s temi cistami. Sredstva za lajšanje bolečin brez recepta, kot je ibuprofen, se lahko izkažejo tudi za koristne pri nadzoru bolečine in neugodja.
Kirurški poseg, znan kot miomektomija, se lahko uporabi za odstranitev fibroidne ciste, da se poskuša ohraniti plodnost. Ta postopek je namenjen odstranitvi ciste, pri tem pa ostane maternica nedotaknjena. Približno polovica žensk, ki bodo podvržene tovrstni operaciji, bo morala zaradi visoke stopnje ponovitve postopek ponoviti v petih letih. Zaradi tega se miomektomija šteje za začasno rešitev.
Laserska ablacija je vrsta postopka, ki služi za zmanjšanje velikosti fibroidne ciste, s čimer se zmanjša resnost bolečine in drugih simptomov, ki jih povzroča rast. Jedro fibroida se opeče v upanju, da bo tumor odmrl. Tudi pri tem postopku je verjetnost ponovitve razmeroma visoka. Embolizacija fibroidov vključuje uporabo majhnega katetra za blokiranje pretoka krvi v fibroid, čeprav stopnja ponovitve pri uporabi te relativno zdajšnje možnosti zdravljenja še ni znana.
Edino pravo zdravilo za fibroidne ciste je vrsta operacije, znana kot histerektomija. Ta postopek vključuje popolno odstranitev maternice, s čimer se pacientka pošlje v takojšnjo menopavzo in konča plodnost. Brez maternice miomi nimajo prostora za rast, zato ni možnosti za ponovitev. Jajčniki se med operacijo lahko odstranijo ali pa tudi ne, odvisno od obsega poškodbe in drugih osnovnih zdravstvenih stanj.