Fetalnega alkoholnega sindroma običajno ni mogoče pozdraviti, vendar je mogoče nekatere njegove simptome zdraviti, zlasti če jih odkrijemo zgodaj v življenju. Na primer, srčne napake, ki pogosto vključujejo luknjo ali šumenje, je mogoče zdraviti s kirurškim posegom. Druge fizične simptome, kot sta izguba sluha in vida, je pogosto mogoče zdraviti s slušnimi aparati in očali. Seveda se običajno pojavijo duševne težave, povezane s pitjem med nosečnostjo, kot so zaostalost, učne težave in težave z razmišljanjem. Tipično zdravljenje simptomov fetalnega alkoholnega sindroma, kot so ti, vključuje posebne razrede v šoli in socialne storitve na začetku.
Eden najpogostejših simptomov fetalnega alkoholnega sindroma je srčna napaka. To lahko vključuje šumenje, ki je dokaj blaga nenormalnost, ki jo imajo tudi nekateri sicer zdravi otroci. Po drugi strani pa lahko nekateri dojenčki s fetalnim alkoholnim sindromom trpijo za okvaro ventrikularnega septuma, ki opisuje luknjo v steni med desnim in levim prekatom. Druga možna težava, povezana s fetalnim alkoholnim sindromom, je okvara atrijskega septuma, pri kateri se stena med zgornjima komorama ne zapre. Takšne okvare je mogoče rešiti s kirurškim posegom, vendar se tovrstno zdravljenje težav s fetalnim alkoholnim sindromom pogosto šteje za zapleteno in ni vedno uspešno.
Obstajajo tudi druge vrste zdravljenja fizičnih simptomov fetalnega alkoholnega sindroma. Na primer, ušesa so lahko deformirana ob rojstvu, kar vodi do izgube sluha v otroštvu. To je mogoče rešiti s slušnimi aparati, pa tudi s plastično kirurgijo, da se po potrebi spremeni videz ušes. Izguba vida je še en pogost simptom te bolezni, ki pogosto zahteva očala že v zgodnji mladosti. Čeprav obstaja zdravljenje za fizične simptome fetalnega alkoholnega sindroma, kot so ti, nekaterih običajno ni mogoče popraviti, kot je nenavadno majhna glava ali telo.
Nekateri najbolj zaskrbljujoči simptomi te bolezni so duševne težave. Na primer, duševna zaostalost, zamude pri govoru in jeziku ter učne težave so le nekatere od glavnih težav. Ti pogosto zahtevajo večletno zdravljenje že od zgodnjega otroštva, kot je coaching vedenjskega upravljanja, pa tudi svetovanje o tem, kako se spopasti s stresom. Poleg tega je treba otrokom ponuditi prilagojeno zdravljenje za fetalni alkoholni sindrom, ko začnejo šolo, saj pogosto potrebujejo posebne razrede, da bi dosegli tipične mejnike za svojo starost. Pouk posebnega izobraževanja jim lahko omogoči uspeh v šoli kljub učnim težavam, hiperaktivnosti in nezmožnosti normalnega razmišljanja.