Obstaja več možnih načinov zdravljenja ciste kolena, pri čemer je izbrana terapija odvisna od natančne vrste ciste. Cista je vrečka ali vrečka, ki je lahko napolnjena s tekočino ali gostejšo snovjo. Ciste kolena, ki so jih povzročile bolezni, kot so poškodbe, revmatoidni artritis ali protin, se lahko zdravijo z zdravili, okužene ciste pa se pogosto odzivajo na antibiotike. Pomembno je zdraviti vse osnovne vzroke, sicer se lahko cista ponovi. Cista kolena, ki povzroča simptome in je ni mogoče zdraviti z zdravili, lahko zahteva kirurško odstranitev.
Večina cist, ki nastanejo v kolenu, se razvije iz tako imenovanih burz. Burse so vrečke, ki se nahajajo v delih sklepov, kjer pride do trenja. Če prekomerna uporaba sklepov povzroči poškodbe, se lahko te burze napolnijo s tekočino in tvorijo ciste.
Zdravljenje te vrste ciste kolena je običajno medicinsko, s kombinacijo počitka, kompresijskih povojev in tako imenovanih nesteroidnih protivnetnih zdravil (NSAID). V primerih, ko obstoječa bolezen, kot je protin, povzroči, da se bursa razvije v cisto kolena, se zdravljenje z zdravili osredotoča na osnovno stanje. Če se cista okuži, zdravljenje z antibiotiki morda ne bo popolnoma učinkovito, dokler cista ni izsušena z aspiracijo z iglo, kjer se z brizgo izvleče vsebina ciste.
Ena najpogostejših vrst cist kolena se imenuje poplitealna cista ali Bakerjeva cista, ki se razvije iz burze na zadnjem delu kolenskega sklepa. Običajno se Bakerjeva cista pojavi, ko so poškodovane strukture znotraj kolenskega sklepa, lahko pa se pojavi tudi pri bolnikih z boleznimi, kot sta osteoartritis in revmatoidni artritis. Lahko se pojavijo simptomi bolečine in tekočine okoli kolenskega sklepa. Zdravljenje te vrste ciste kolena se lahko izvaja doma s kombinacijo nesteroidnih protivnetnih zdravil, počitka, ledu in kompresijskih povojev. Če simptomi ne izginejo, lahko zdravnik injicira kortikosteroidna zdravila v koleno, da lajša oteklino in bolečino.
Medtem ko se Bakerjeve ciste običajno ne odstranijo kirurško, bo morda potrebna operacija za popravilo kakršne koli poškodbe kolenskega sklepa, ki je lahko povzročila nastanek ciste. V koleno se vstavi dolg, tanek instrument, imenovan artroskop, ki lahko slika notranjost sklepa. To omogoča kirurgu, da odkrije vse poškodovane strukture in jih popravi z orodji, povezanimi z artroskopom. Običajno je za cisto kolena, ki se ni razvila iz burse in ima simptome, ki se ne lajšajo z drugimi metodami, najverjetneje potrebna kirurška odstranitev.