Zagonski sektor je del trdega diska ali diskete, na katerem je shranjena koda za zagon posebnih programov in za sklicevanje na druge ključne funkcije, da disk deluje. Obstaja veliko vrst, vendar sta dve glavni: glavni zagonski zapis in zagonski zapis glasnosti. Glavni zagonski zapis obstaja na pogonu, ki je bil particioniran, in običajno poišče aktivno particijo in zažene svoj zagonski zapis. Zagonski zapis za glasnost pa pogosto vsebuje kodo za zagon operacijskega sistema v računalniku.
Pogoni trdih diskov vsebujejo glavni zagonski zapis kot prvi zagonski sektor, medtem ko diskete ali diski USB običajno vsebujejo samo zagonski zapis nosilca kot prvi zagonski sektor, saj jih ni mogoče razdeliti na particije. BIOS računalnika, del, ki se izvaja pred vsem drugim, takoj poišče ta sektor pogona, ne glede na to, ali je glavni ali nosilec, za navodila, kaj storiti naprej. Zagonski sektor lahko dejansko vključuje navodila za dokaj zapletene stvari, ki se uporabljajo za stvari, kot je dajanje uporabniku možnosti za zagon enega od številnih operacijskih sistemov, hkrati pa pomeni, da obstaja možnost zlorabe v obliki virusov.
Da bi bil zagonski sektor, mora sektor izpolnjevati samo en kriterij, to je, da ima podpis 0xAA55 kot zadnja dva bajta. Če tega podpisa ni mogoče imeti, lahko pride do napake in računalnik se morda ne bo zagnal. To se lahko zgodi iz več razlogov, vključno z virusom ali preprosto poškodovanim sektorjem zaradi fizične napake na samem pogonu.
Ta vrsta virusa je preprosto tisti, ki zamenja običajno kodo zagonskega sektorja s kodo po lastni izbiri. Ker se zagonski sektor naloži vsakič, ko se računalnik zažene, so lahko takšni virusi izjemno uničujoči in jih je v nekaterih primerih precej težko pravilno odstraniti. Ker se virus naloži v pomnilnik takoj, ko se računalnik zažene, se lahko zelo enostavno razširi tudi na vsak pogon ali disk, s katerim pride v stik okuženi računalnik.
Najpogostejši način širjenja virusa zagonskega sektorja je puščanje okuženega diska v diskovnem pogonu računalnika. Ko se naslednjič zažene, BIOS prebere zagonski zapis tega diska, sprejme virus in ga prenese v pomnilnik. Od tam se lahko razširi na druge pogone in druge vstavljene diske. Virus se lahko prenese tudi prek omrežja, če ni ustrezno zaščiten, in se lahko prenese celo kot priloga k e-pošti.
Odstranjevanje virusa zagonskega sektorja zahteva dober protivirusni program. Mnogi šifrirajo zagonski sektor, ko ga okužijo, tako da odstranitev virusa ni enostavna. Iz tega razloga je pomembno, da uporabite dober protivirusni program, ki ima register številnih takšnih virusov, in tako lahko previdno odstrani virus, ne da bi poškodoval vaš računalnik.