Zagonska defragmentacija je posebna različica funkcije defragmentacije v računalnikih. Podatke prerazporedi tako, da so datoteke, uporabljene med zagonom, fizično ena poleg druge na trdem disku. To lahko pospeši postopek zagona.
Defragmentacija vključuje preureditev fizične lokacije podatkov na trdem disku. Razveljavi razdrobljenost, ki je posledica dejstva, da ko del podatkov izbrišemo iz računalnika, nastala vrzel ne bo zapolnjena, če naslednji del podatkov, ki ga je treba zapisati, ne paše v vrzel. To lahko povzroči, da so podatki urejeni na neučinkovit način.
Proces defragmentacije prerazporedi podatke, tako da so fizično organizirani na najučinkovitejši način. To pomeni, da lahko računalnik hitreje dostopa do vsakega podatka: razlika je vsakič le majhen delček sekunde, vendar se vse poveča. Postopek je nekoliko podoben pospravljanju stvari, raztresenih po tleh spalnice. Ko je to storjeno, je veliko hitreje najti in doseči vsak posamezen predmet.
Zagonska defragmentacija opravlja isto nalogo, vendar se ukvarja posebej z zagonskimi datotekami. To so prve datoteke, ki se naložijo ob zagonu računalnika. So datoteke, potrebne za nalaganje operacijskega sistema v pomnilnik računalnika, skupaj z datotekami za zagon katerega koli programa, ki ga je uporabnik nastavil za samodejno zagon, ko se njegov računalnik zažene.
Od operacijskega sistema Windows XP so Microsoftovi operacijski sistemi nastavljeni tako, da samodejno izvajajo defragmentacijo zagona. Tega ne nadzira uporabnik in se namesto tega zažene, ko je računalnik določen čas v mirovanju, običajno med petimi in 30 minutami. Zagonska defragmentacija teče v ozadju, kar pomeni, da se uporabnik ne zaveda, da se izvaja.
Čeprav je defragmentacija zagona privzeto nastavljena na zagon, je možno, da jo nenamerno izklopi, na primer aplikacija. Uporabnik, ki je dovolj samozavesten za zagon urejevalnika registra, lahko preveri, ali se je to zgodilo, in ga po potrebi znova vklopi. To naredite tako, da odprete urejevalnik registra in odprete HKEY_LOCAL_MACHINESOFTWAREMicrosoftDfrgBootOptimizeFunction, nato preverite, ali je vrednost poleg možnosti »Omogoči« nastavljena na Y in ne na N.
Čeprav uporabnik ne more neposredno prisiliti zagonske defragmentacije, obstajata dva posredna načina. Eden od njih je, da računalnik preprosto pustite brez aplikacij, ki se izvajajo vsaj pol ure, zaradi česar bo računalnik izvajal defragmentacijo, dokler je funkcija vklopljena. Druga možnost je prisiliti računalnik, da zažene vse naloge, za katere je nastavljeno, da se izvajajo v mirovanju, kar vključuje zagonsko defragmentacijo. To lahko storite v 32-bitnih izdajah sistema Windows, tako da kliknete Start, nato Zaženi, nato vnesete Rundll32.exe advapi32.dll,ProcessIdleTasks in kliknete V redu. Ker to izvaja več nalog, bo verjetno vplivalo na delovanje računalnika, dokler te naloge niso dokončane.
Operacijski sistem Apple Mac nima vgrajene funkcije defragmentacije. Uradno priporočilo je, da če disk postane preveč razdrobljen, varnostno kopirate vsebino, uporabite funkcijo inicializacije sistema Mac na disku in nato obnovite podatke. Ker je to bolj težavno izvesti, ga je najbolje shraniti za resne primere razdrobljenosti. Sistemi za upravljanje datotek v najnovejših izdajah operacijskih sistemov, ki temeljijo na Linuxu, nimajo vgrajenih funkcij defragmentacije. Obstajajo pa številne aplikacije drugih proizvajalcev, ki lahko defragmentirajo pogon, ki temelji na Linuxu.