Kromosom AY je eden od spolnih kromosomov pri ljudeh in drugih sesalcih, z genetsko kodo, ki določa, ali bo organizem genetsko moški ali ženski. Prisotnost Y kromosoma običajno povzroči, da je nekdo moški, razen v primeru nekaterih genetskih motenj. Komplementarni kromosom je kromosom X; ženske imajo na splošno dva kromosoma X v svojem kariotipu, moški pa podedujejo X in Y.
Vsi organizmi nimajo spolnih kromosomov, tisti, ki imajo, pa imajo lahko zapleten sistem dedovanja, ko gre za spol. Ta članek se osredotoča posebej na vlogo kromosoma Y pri ljudeh. Menijo, da so sprva predniki ljudi podedovali dva v osnovi enaka spolna kromosoma, sčasoma pa sta se razšla v kromosom X in Y. Kromosom Y je nekoliko krajši od kromosoma X in vsebuje predvsem genetski material, povezan z moškimi spolnimi značilnostmi.
Eden najpomembnejših genov med 58 milijoni baznih parov na Y kromosomu je gen SRY, ki določa nastanek mod. Ko se moda oblikujejo, se zgodi kaskadna serija reakcij, saj proizvajajo spolne hormone, kot je testosteron, kar prispeva k razvoju sekundarnih spolnih značilnosti, kot so dlake v prsih in globok glas. Genetski material v tem kromosomu predstavlja približno 2 % genskega materiala v kateri koli celici, kar je relativno majhna količina, zgodovinski dokazi pa kažejo, da je bila nekoč večja in se sčasoma dejansko krči.
Genetske motnje, ki vključujejo ta kromosom, običajno povzročajo težave s plodnostjo ali razvojem spolnih značilnosti. V nekaterih primerih ljudje podedujejo dodaten kromosom X, kar konča s kariotipom XXY in stanjem, imenovanim Klinefelterjev sindrom. Subjekt je moški, vendar ima lahko težave s plodnostjo in druge težave.
Moški prenašajo svoje Y kromosome na svoje sinove in če imajo genetske motnje na Y kromosomu, bodo imeli te motnje tudi njihovi sinovi. Nasprotno, če so nosilke genetskih motenj, ki jih opazimo na kromosomu X in imajo hčere, bodo tudi njihove hčere postale nosilke in so lahko v nevarnosti, da razvijejo motnjo, če je prevladujoča ali če podedujejo drugo kopijo okvarjenega gena od njihove matere. En primer genetske motnje, povezane s spolom, je hemofilija, stanje, ki ga opazimo predvsem pri moških, ki podedujejo en sam okvarjen kromosom X in nimajo ustreznega alela na kromosomu Y, ki bi zaviral izražanje škodljivega gena.