Vojaški zapor je zapor, ki ga zgradi in vzdržuje vojska in se lahko uporablja za zadrževanje pripadnikov vojske, ki so zagrešili kazniva dejanja v zvezi z vojaško službo, vojnih ujetnikov ali ljudi, ki ogrožajo nacionalno varnost. Pogoji v tovrstnem zaporu in način uporabe zapora so odvisni od zadevne države. Na nekaterih območjih so lahko zaporniki v tovrstnih ustanovah deležni boljše obravnave kot zaporniki, ki so zagrešili druga kazniva dejanja, zlasti zato, ker pogosto obstajajo stroga pravila o etičnem ravnanju z zaporniki, ki so pod zunanjim nadzorom. Kljub temu razmere v vojaškem zaporu morda niso tako pregledne, kot se zdijo, in zaporniki so v nekaterih primerih lahko obravnavani zelo slabo.
Večina držav ima nekakšen vojaški zaporniški sistem, vendar so nekatere bolj opredeljene kot druge. Prvo vrsto vojaških zapornikov, ki so nastanjeni v tej vrsti zapora, sestavljajo ljudje, ki so vpleteni v vojsko, ki so zagrešili kaznivo dejanje v zvezi z vojsko. Običajno je te zapornike obsodilo vojaško sodišče. V tem smislu se lahko vojaški zapor uporablja za kaznovanje storilcev kaznivih dejanj.
Druga vrsta zapornikov, ki so najpogosteje nameščeni v vojaškem zaporu, običajno ni kriv za kaznivo dejanje v vojski, temveč je sovražnik naroda ali sovražnik borec. Vojni ujetniki so običajno zaprti v tovrstnih zaporih, vendar to ni sistem, ki bi bil izrecno zasnovan za kaznovanje ujetnikov. Obstaja veliko mednarodnih pravil glede ravnanja s to vrsto zapornikov v zaporu in kršitev teh pravil ima lahko za državo hude posledice.
Nekateri zločinci se lahko štejejo za posebno nevarne za narod in so lahko nastanjeni tudi v vojaškem zaporu. Ti zločinci, med katerimi so lahko teroristi ali vohuni, so pogosto bolj izpostavljeni slabemu ravnanju kot vojni ujetniki. Včasih velja, da je zaslišanje te vrste zapornikov sprejemljivo, da bi pridobili informacije. Tudi presoja tovrstnih zločincev je zapletena, zato tovrstni zapornik morda niti ni kriv, ko ga pošljejo v zapor.
Kakovost in poštenost vojaškega zapora je pogosto mogoče razumeti, da predstavljata etiko same vojaške organizacije. Te zapore v celoti upravlja vojska, ravnanje z zaporniki pa odraža odnos vojske, saj se lahko kaže brez neposrednega nadzora. Pogled na vedenje v vojaškem zaporu je torej mogoče uporabiti za pogovor o spremembah, ki jih je treba izvesti na splošno, da se zagotovi, da se vojaška organizacija etično obnaša pri vseh dejavnostih.