Vodno čiščenje je na vodni osnovi in vključuje uporabo različnih metod čiščenja za odstranjevanje maščobe, umazanije in olja iz delov in opreme. Ta oblika čiščenja je prednostna za razmaščevanje namesto uporabe topil na osnovi nafte, saj obstaja manjša nevarnost nevarne izpostavljenosti delavcev. Vodne metode razmaščevanja uporabljajo posebno opremo z biološko razgradljivimi čistilnimi zmesi za odstranjevanje olja. Postopek vodnega čiščenja je sestavljen iz koraka čiščenja na vodni osnovi, ki mu sledi več korakov vodnega izpiranja.
Prehod na vodno čiščenje s sistemov na osnovi topil znatno zmanjša ali odpravi trdne nevarne odpadke in emisije v zrak. Vse odpadne vode iz vodnih sistemov je treba ustrezno odstraniti ali obdelati, čistilne raztopine v vodnem sistemu pa morajo biti kemično združljive z delom, ki se čisti. Čistilne spojine na vodni osnovi, ki se uporabljajo pri vodnem čiščenju, so odvisne od mešanja in toplote, da razbijejo umazanijo na drobne delce.
Enote za čiščenje razpršilnih omaric in mikrobiološka pomivalna plošča sta dve čistilni enoti, ki se uporabljata za vodno čiščenje. Vodne razpršilne omare čistijo opremo in dele z brizganjem visokotemperaturnih topil pri visokih tlakih znotraj zaprte omare. Strokovnjaki priporočajo škropilne omare za dele z zemljo, ki jo je težko odstraniti. Idealen je za zmanjšanje količine dela pri čiščenju in nudi visoko raven učinkovitosti čiščenja.
Enote z mikrobnim pomivalnim koritom so najboljše za dele z rahlo do zmerno kopičenjem zemlje. Te enote imajo filtre, ki odstranijo trdne ostanke iz delov. Nekatere prednosti uporabe mikrobnih pomivalnih enot za vodno čiščenje vključujejo nizke kapitalske stroške in možnost preprečevanja suhe kože na rokah. Tehnologija mikrobov, ki se uporablja v teh enotah pomivalnega korita, redko zahteva odstranjevanje čistilne raztopine. Strokovnjaki priporočajo zamenjavo raztopine le, ko se učinkovitost čiščenja zmanjša.
Ultrazvočni čistilni sistem, ki je tudi vodni čistilni sistem, zahteva pretvornik, rezervoar in generator. Pretvorniki so lahko zaprti v jeklenem ohišju ali pritrjeni na dno rezervoarja. Valovi, ki jih proizvajajo pretvorniki, izvajajo izjemen pritisk, da zrahljajo zemljo v razpokah in slepih luknjah. Čiščenje poteka s postopkom kavitacije, pri katerem se mehurčki hitro tvorijo in sesedejo v tekočini. Ti sistemi so idealni za odstranjevanje onesnaževal iz notranjih razpok in so najhitrejši in najbolj ekonomični način za pranje delov.