Zdravljenje nevtropenije pri otrocih se razlikuje glede na vzrok tega stanja. Če to zdravstveno težavo povzročijo zdravila, se uporaba zdravil ustavi ali pa se odmerek zniža, da se ugotovi, ali to pozitivno vpliva na nevtropenijo. Kadar nevtropenijo povzroči huda okužba, ki običajno traja dlje časa, se dajo antibiotiki ali zdravila za obvladovanje simptomov in bolniku omogočijo hitrejše okrevanje. Pri hudi nevtropeniji, ki jo običajno povzroči motnje v proizvodnji nevtrofilcev v kostnem mozgu, je zdravljenje sestavljeno iz faktorjev, ki stimulirajo granulocitne kolonije (G-CSF), da se poveča sinteza nevtrofilcev. Kadar avtoimunski odziv proti nevtrofilcem povzroči nevtropenijo pri otrocih, je zdravljenje zatiranje imunskega sistema s steroidi.
Številna zdravila za kemoterapijo lahko zavirajo aktivnost kostnega mozga in zmanjšajo proizvodnjo nevtrofilcev, kar vodi v nevtropenijo. Najpogostejše zdravljenje tega vzroka je zmanjšanje ali širjenje zdravljenja z zdravili ali, če je mogoče, popolna prekinitev uporabe zdravila, dokler nevtropenija ne izzveni. Kadar to ni mogoče, bodo otroke pogosto hospitalizirali, da bi zmanjšali tveganje za okužbo, jih skrbno opazovali glede morebitnih znakov okužbe in jih zdravili s profilaktičnimi antibiotiki. Staršem otrok, ki trpijo za to vrsto nevtropenije, je treba zagotoviti seznam opozorilnih znakov okužbe ali znakov, da se nevtropenija poslabša, in pozorno opazovati svojega otroka.
Dolgotrajne ali hude okužbe, zlasti pri dojenčkih in otrocih, lahko oslabijo telo in ga izčrpajo nevtrofilcev, kar pri otrocih povzroči nevtropenijo. V tem primeru bo otrok zdravljen z močnimi antibiotiki, da se pospeši uničenje tujega napadalca. Lahko se predpišejo tudi zdravila, ki zmanjšajo simptome in otroku omogočijo ustrezen počitek za obnovo telesa. Ko je nevtropenija pri otrocih res huda, se lahko otroka hospitalizira, da se mu lahko dajejo intravenski antibiotiki in otrokovo stanje pozorno spremlja.
Otroško nevtropenijo, ki je posledica okvare v sintezi nevtrofilcev, zdravimo z uvedbo zdravljenja z G-CFS. G-CFS so sintetični hormoni, ki pospešujejo proizvodnjo nevtrofilcev v kostnem mozgu. To zdravljenje se izvaja, običajno enkrat na dan, z intravensko injekcijo. Nevtropenijo pri otrocih, ki jo povzroči avtoimunski odziv, ki uniči nevtrofilce, običajno zdravimo s steroidi. Ta zdravila zavirajo imunski sistem in omogočajo telesu, da obnovi koncentracijo nevtrofilcev.
Simptomi nevtropenije pri otrocih je pogosto težko prebrati. Ko je bil otrok zdravljen s kemoterapevtskimi zdravili ali drugimi zdravili, za katera je znano, da povzročajo nevtropenijo, morajo biti starši pozorni na kakršne koli znake okužbe. Če ga opazite, je treba nemudoma poklicati pediatra ali onkologa. Najpogostejši znak nevtropenije pri otrocih je pogostejša in hujša bolezen. Nekateri otroci imajo lahko tudi otekle ali krvaveče dlesni.