Postopki, vključeni v proizvodnjo antibiotikov, so odvisni od tega, ali je izdelek naraven, polsintetičen ali popolnoma sintetičen. Naravna zdravila so narejena z gojenjem mikroorganizmov v nadzorovanih pogojih in zbiranjem spojin, ki jih izražajo, medtem ko polsintetični izdelki vključujejo dodaten korak za spreminjanje naravno proizvedenih kemikalij. Sintetika, tako kot sulfa zdravila, so izdelana s kemičnim proizvodnim postopkom. Proizvodnja antibiotikov v vseh primerih zahteva sterilno okolje s stalnim nadzorom, da se preverijo znaki kontaminacije, ki bi lahko ovirali varno proizvodnjo zdravil.
Naravni antibiotiki zahtevajo pripravo kulture mikroorganizmov, kot so glive, ki izražajo antibiotike kot stranski produkt. Gojijo se v velikih rezervoarjih za fermentacijo s hrano, da se ohranijo razmnoževanje. Mikrobiolog nadzoruje proces, nadzoruje temperaturo, vlažnost in druge pogoje za povečanje donosa. Priprava antibiotične juhe, ki jo je treba skozi filtrirne sisteme prečistiti in ekstrahirati, lahko traja več dni. Testiranje osebju zagotavlja, da proizvodnja antibiotikov ni bila kontaminirana in da je zdravilo dovolj močno, da ga lahko prodajajo javnosti.
Polsintetična zdravila dodajo korak k temu. Namesto da bi naravni izdelek očistili in pakirali, ga osebje v proizvodnem obratu obdela s kemičnim postopkom. Ta korak v proizvodnji antibiotikov spremeni strukturo zdravila. Ni popolnoma sintetičen, ker temelji na naravnem izdelku, vendar ni isti izdelek kot tisti, ki bi ga lahko našli v naravi. Ta zdravila so lahko bolj virulentna proti širšemu naboru organizmov ali pa imajo lahko manj stranskih učinkov kot njihove naravne oblike. Ampicilin je primer polsintetičnega antibiotika.
Sintetične droge so narejene s kemičnimi reakcijami, začenši s surovinami, ki se spreminjajo v nadzorovanem okolju. Proizvodnja antibiotikov s sintetičnimi postopki je lahko lažje nadzorovati, ker ni podvržena naravnim spremembam živih organizmov, ki se uporabljajo v fermentacijskih rezervoarjih. Še vedno je potrebno skrbno spremljanje, da se preveri kontaminacija in proizvede zdravila, ki so čista in standardne koncentracije.
Tako kot pri drugih farmacevtskih izdelkih je proizvodnja antibiotikov predmet regulacije s strani vlade. Agencije lahko pregledajo proizvodne zmogljivosti in serije izdelkov, ki imajo pooblastilo za odpoklic zdravil, če obstajajo pomisleki glede varnosti ali učinkovitosti. Zahtevajo lahko tudi dnevnike, ki dokumentirajo postopke testiranja in nadzora kakovosti, da potrdijo, da ima podjetje jasne interne standarde in jih ves čas upošteva.