Kaj se zgodi med preiskavo zlorabe otrok, vsaj v posebnih izrazih, se med jurisdikcijami močno razlikuje. Dogodki, ki predstavljajo preiskavo zlorabe otrok v Združenih državah, se razlikujejo od dogodkov v Kanadi, Avstraliji, Franciji ali Španiji. Prav tako se preiskovalni postopki med lokalnimi občinami razlikujejo glede na državno ali lokalno zakonodajo, politike agencije in druge dejavnike. Čeprav se posebnosti lahko razlikujejo, so osnovna načela enaka. Preiskava zlorabe otrok na splošno vključuje zbiranje dejstev o prijavljenih primerih zlorabe, družinske zgodovine, pravne ali kazenske zgodovine vpletenih odraslih, zdravstvene kartoteke in zgodovine, pa tudi osebne razgovore, psihološke ocene in varnostne ugotovitve.
Ne glede na posebne lokalne zakone, ki veljajo za domnevno zlorabo otrok, usposobljeni strokovnjaki običajno začnejo z dokumentacijo v zvezi s prijavljenim incidentom. Na primer, delavec lahko pregleda zdravstveno kartoteko obiska urgence ali policijska poročila o klicih o nasilju v družini. Drugi korak običajno vključuje osebne razgovore s starši, skrbniki, zdravstvenimi ali šolskimi strokovnjaki, pa tudi z otrokom in njegovimi brati in sestrami. Med razgovori z domnevnimi žrtvami zlorabe izpraševalec pogosto išče znake zlorabe otrok, bodisi fizične, duševne ali spolne, in fotografira kakršne koli vprašljive poškodbe ali identificira znake zlorabe. S pregledovanjem evidenc in izvajanjem začetnih razgovorov lahko delavec ali uradnik pregona določi naslednje korake v postopku preiskave.
Nekatere občine imajo zakone, ki urejajo, kaj se mora zgoditi med preiskavo zlorabe otrok. V takih primerih morajo odgovorne stranke pogosto opraviti določene korake v določenem vrstnem redu ali kot to upravičujejo vnaprej določena merila. Druge občine prepustijo potek preiskave zlorabe otrok na presojo zastopnika katere koli agencije, ki preiskavo izvaja. V Združenih državah Amerike natančen potek preiskave zlorabe otrok ni obvezen. Namesto tega imajo delavci na zadevi določeno časovno obdobje, v katerem morajo dokončati preiskavo in sprejeti odločitev o otrokovih potrebah.
Na primer, po podatkih ameriškega ministrstva za človeške storitve, agencije za nadzor Ministrstva za družino in otroke (DFCS), predpisi določajo, da ima DFCS 24 ur, da začne uradno preiskavo, ko državljan prijavi zlorabo otrok ustreznim agencijam. V 30 dneh mora biti ta preiskava zlorabe otrok končana in podano priporočilo glede otrokovega počutja in varnosti. V 30-dnevnem preiskovalnem obdobju morajo delavci DFCS opraviti osebne razgovore z žrtvami, storilci in starši; obiskati otrokov dom; pregledati vso potrebno dokumentacijo in zgodovinske zapise; razširite intervjuje na sosede, učitelje in širšo družino; in opraviti strokovne ocene o otrokovi varnosti, verjetnosti prihodnje zlorabe in potrebah družine.
V Združenem kraljestvu večina agencij, vključenih v preiskavo zlorabe otrok, uporablja pristop skupnih agencij. To pomeni, da strokovnjaki kazenskega pregona sodelujejo s strokovnjaki za zaščito otrok pri izvajanju preiskave. V takih primerih lahko uslužbenec kazenskega pregona najprej oceni otrokovo stanje glede znakov zlorabe in zagotovi domnevno prizorišče zlorabe. Medtem ko se preiskava zlorabe otrok nadaljuje, osebje za zaščito otrok pomaga pri osebnih razgovorih in vseh potrebnih psiholoških ocenah, odvisno od posebne jurisdikcije.