Laparoskopija je minimalno invazivna vrsta kirurškega posega, ki vključuje uporabo kirurških instrumentov, majhnih rezov in majhne video kamere, ki omogoča zdravniku, da vidi notranjost telesa, da izvede operacijo brez velikega reza. Ko pacient opravi laparoskopijo zaradi ciste jajčnikov, kirurg vstavi posebne instrumente skozi majhne reze, da vidi cisto jajčnikov in jo odstrani. Laparoskopska kirurgija je pogosto prednostna možnost za odstranjevanje cist, ker je povezana z manj nelagodja, manj brazgotin in krajšimi časi okrevanja kot običajni odprti kirurški posegi.
Čeprav je laparoskopija ciste jajčnikov kirurški poseg, običajno ne zahteva, da oseba ostane čez noč v bolnišnici. V večini primerov se izvaja ambulantno, pacient pa lahko kmalu po končanem odide domov. Pacientka običajno ne bo občutila bolečine med laparoskopijo za cisto jajčnikov, saj se običajno izvaja, ko je v splošni anesteziji. Vendar pa bo med postopkom okrevanja običajno občutila nekaj neugodja.
Za izvedbo laparoskopije za cisto jajčnikov kirurg običajno naredi več majhnih rezov v trebuhu ženske. Nato skozi majhne trebušne reze vstavi kirurške instrumente in drobno kamero, imenovano laparoskop. Laparoskop omogoča kirurgu, da vidi notranjost pacientovega trebuha, medtem ko izvaja operacijo z ogledom slik, prikazanih na bližnjem monitorju. Nato s kirurškimi instrumenti odstrani cisto iz ženskega jajčnika. Prav tako lahko vzame vzorec celic iz ciste in ga pošlje v laboratorij; laboratorij pregleda vzorec, da ugotovi, ali so prisotne rakave celice ali ne.
Ko ženska opravi laparoskopijo zaradi ciste na jajčniku, je včasih treba odstraniti več kot samo cisto. Včasih mora kirurg odstraniti del jajčnika ženske ali celoten jajčnik. V nekaterih primerih lahko kirurg uporabi šive, da zapre reze, narejene v pacientovem jajčniku. Pri drugih se lahko ureznine zacelijo brez šivov. Na koncu kirurg zapre pacientove trebušne reze, da dokonča operacijo.
Po laparoskopiji za cisto na jajčniku se mora pacientka običajno izogibati naporni dejavnosti približno dva tedna. Zdravnik ji lahko tudi svetuje, naj se v tem času izogiba spolnim odnosom. V večini primerov pa je okrevanje po laparoskopski operaciji hitrejše od okrevanja po odprti operaciji.