Stacionarno kodiranje se nanaša na pregled zdravstvenih kart bolnišničnih bolnikov, da se zajamejo vse postavljene diagnoze in vsa predpisana zdravila, testi, zdravljenja, oprema in zaloge, da se čim bolj poveča povračilo bolnišnice s strani nosilcev zdravstvenega zavarovanja. V zahodni medicini in zlasti v ZDA so vse medicinske diagnoze kodirane s številko, kot je določena v Priročniku za mednarodno klasifikacijo bolezni (ICD-9), vsa možna zdravljenja – od ledene obloge do operacije na odprtem srcu – pa so kodirana s številko na Priročnik o trenutni proceduralni terminologiji (CPT) ameriškega zdravniškega združenja (AMA). Stacionarno kodiranje vključuje pregled pacientove papirnate karte ali elektronske zdravstvene kartoteke ter pretvorbo diagnostičnih informacij in informacij o zdravljenju v ustrezne kode. Zdravstvene zavarovalnice – ki jih vodita Medicare in Medicaid – uporabljajo diagnostične kode ICD-9 za določitev pričakovane dolžine bivanja v bolnišnici, medtem ko lahko sekundarne diagnoze in kode zdravljenja upravičijo plačilo dodatnih bolnišničnih dni. Stacionarno kodiranje vključuje tudi dvojno preverjanje, ali so bolnišnični interni obračuni za medicinske pripomočke in uporabo medicinskih pripomočkov točni.
Strokovnjaki za bolnišnično kodiranje pogosto pregledujejo zapiske zdravnika o napredku in posvetovalna poročila v bolnišničnih kartah za nove ali neprijavljene diagnoze. Kodirniki pregledajo tudi liste naročil zdravnikov, da potrdijo, da se predpisana medicinska oprema – kot so ventilatorji, intravenske (IV) črpalke ali spremljanje srčne telemetrije – dnevno zaračunava na račun hospitaliziranega pacienta med uporabo. Posamezne medicinske pripomočke, potrebne za oskrbo pacientov, je pogosto najtežje natančno prešteti in zaračunati, saj večina vidikov postopka ostaja dolgotrajen sistem papirja in nalepk. Bolnišnični strokovnjaki za kodiranje pogosto primerjajo tisto, kar je dokumentirano, kot je uporabljeno v zdravniških ali negovalnih opombah, s temi nalepkami, ki so pritrjene na bolnikovo indeksno kartico ali skenirane s črtno kodo na pacientov račun, in nato popravijo morebitna odstopanja. Zaradi časa, ki ga potrebuje, je ta postopek najbolje uporabiti za karte bolnikov s poškodbami ali druge primere, ko sta medicinsko in negovalno osebje manj osredotočena na pridobivanje identifikacijske nalepke medicinskega materiala in bolj na potrebno oskrbo pacienta.
Za opravljanje dela bolnišničnega kodiranja je potrebno veliko izobraževanja in usposabljanja. Večina kodirnikov zdravstvenih kartotek je končala izredni študij kot tehnik zdravstvene dokumentacije ali tehnik zdravstvenih informacij in se nato dodatno usposabljala za specializacijo za medicinsko kodiranje. Poklicne organizacije za kodiranje, kot sta American College of Medical Coding Specialists (ACMCS) in Ameriško združenje profesionalnih kodirnikov (AAPC), ponujajo članstvo, usposabljanje, nadaljnje izobraževanje in pridobitev akreditacije z izpitom. Obeti za bolnišnična delovna mesta kodiranja so zelo pozitivni, v prihodnosti pa se pričakuje nadaljevanje nadpovprečne rasti delovnih mest.