Večina cist na jajčnikih izgine sama od sebe in zato ni potrebna operacija. Tisti, ki zahtevajo kirurško odstranitev, so običajno veliki, rakavi, izjemno boleči ali trdni. Med operacijo se naredi rez, cista bo odstranjena in ob sumu na raka pregledano tkivo. Za zapiranje območja bodo uporabljene sponke ali šivi, za zdravljenje bolečine v trebuhu, ki običajno prihaja s tem zdravljenjem, pa bodo ponujena zdravila proti bolečinam. Medtem ko operacija ciste na jajčnikih običajno traja le nekaj ur, je bivanje v bolnišnici običajno vsaj tri dni, čemur sledi obdobje okrevanja do štiri tedne.
Tovrstno zdravljenje cist na jajčnikih je običajno zadnja možnost, saj obstajajo tveganja, ki jih prinaša vsaka operacija, čeprav so še vedno precej redka. Bolniki lahko doživijo zaplete, kot so prekomerna krvavitev, okužba, neplodnost, krvni strdki in potreba po odstranitvi jajčnikov, zato operacija ciste na jajčnikih običajno ni prvo ponujeno zdravljenje. Preden je načrtovana operacija, večina zdravnikov opravi fizični pregled, ultrazvok, CT skeniranje ter preiskave urina in krvi, da navedemo nekaj običajnih potrebnih pregledov. Poleg tega je treba zdravila za redčenje krvi in protivnetna zdravila, kot je aspirin, začasno prekiniti, saj lahko povzročijo neželene učinke po operaciji ciste na jajčnikih.
Večina zdravnikov uporablja splošno anestezijo, da blokira bolečino med operacijo, nato pa nadaljuje z rezanjem v trebuh. Mišice na tem območju se najprej ločijo, krvne žile pa se nato premaknejo s poti, da lahko zdravnik odstrani cisto. Če obstaja sum na raka, lahko v tem času odstranimo tudi nekaj tkiva, da ga lahko testiramo. Trebušne mišice se nato običajno zašijejo, začetni rez pa se običajno zapre s sponkami ali šivi. Končno se tekočine in zdravila dajejo intravensko neposredno po operaciji ciste na jajčniku.
Čeprav naj bi bolečina v trebuhu izginila v približno desetih dneh, lahko obdobje okrevanja traja do štiri tedne. V tem času je treba rez redno čistiti z milom in vodo, noge pa previdno premikati kot običajno, da preprečimo nastanek krvnih strdkov. V večini primerov se lahko bolniki vrnejo k svoji običajni rutini, ko se počutijo pripravljeni, čeprav se je treba izogibati naporni dejavnosti do šest tednov. Večina zdravnikov obvesti svoje pacientke, ko so popolnoma ozdravljene od operacije ciste na jajčnikih in se lahko vrnejo k svojim običajnim dejavnostim.