Varen operacijski sistem se na splošno nanaša na eno od dveh stvari; operacijski sistem, ki se močno osredotoča na notranjo in zunanjo varnost, ali operacijski sistem, ki ima zunanji varnostni certifikat. V obeh primerih imajo ti operacijski sistemi raven varnosti, ki je višja od povprečnega sistema. Posledično se varen operacijski sistem običajno uporablja na lokacijah, kjer so shranjeni pomembni podatki ali kjer obstaja velika nevarnost napada.
Številni operacijski sistemi se osredotočajo na varnost kot eno od glavnih točkov gradnje. Ti sistemi imajo pogosto varne funkcije in lahkotno šifriranje vgrajeno neposredno v kodo. To je v nasprotju z običajnim operacijskim sistemom, ki se običajno zanaša na programe tretjih oseb. Ker se ti programi ne nalagajo kot del operacijskega sistema, je vedno na voljo majhno okno, v katerem jih lahko zaobidemo. V varnem operacijskem sistemu se zaščite ne razlikujejo in jih ni mogoče odstraniti od operacijskega sistema kot celote; zato je veliko težje delati okoli njih.
Nekateri od teh varnih operacijskih sistemov so zasnovani za določeno uporabo in nič drugega. Na primer, programiranje znotraj požarnega zidu strojne opreme ali strežnika za preverjanje pristnosti je pogosto različica običajnega operacijskega sistema. V teh primerih sistem še vedno obstaja; preprosto je bil zmanjšan na gole funkcije, potrebne za varnostne protokole.
Nekateri standardni operacijski sistemi bodo prejeli odobritev zunanjega sistema vrednostnih papirjev. Ta vrsta varnega operacijskega sistema je na splošno zelo podobna običajni uporabniški različici, pogosto z nekaj majhnimi spremembami. Te spremembe naredijo nekatera področja sistema bolj varna, vendar ne spremenijo splošnih metod in delovanja sistema.
Na splošno se varen operacijski sistem uporablja na lokacijah z visokim tveganjem. Operacijski sistem bo zagotovil prvo raven obrambe pred vdori in krajo podatkov. Tudi pri varnostno usmerjenem operacijskem sistemu ni nič nenavadnega, da v računalniku najdete druge plasti šifriranja in zaščite. Ti dodatni programi tretjih oseb bodo odpravili morebitne pomanjkljivosti v vgrajenih programih in dodatno zaščitili sistem.
Tudi z varnim operacijskim sistemom ima dejanje uporabnikov veliko vlogo pri splošni varnosti. Za povprečnega uporabnika je varnost pogosto na drugem mestu pred uporabnostjo. Posledično bo veliko uporabnikov izklopilo določene varnostne sisteme, ko jim bodo ovirali uporabo računalnika. V mnogih varnih sistemih obstajajo zaščitni ukrepi, ki preprečujejo vmešavanje uporabnikov ali samodejno vklopijo zaščito. To bo pomagalo ohraniti osnovno raven varnosti, tudi če so določene operacije motene.