Ideja o filozofskem kamnu je v evropski mitologiji pogosta. JK Rowling si je izposodila idejo o alkemično ustvarjenem kamnu z magičnimi lastnostmi za svojo priljubljeno serijo Harry Potter. V knjigah o Harryju Potterju je samo en filozofski kamen, ki ga je ustvaril Nicolas Flamel v 1400. Flamelov kamen lahko spremeni predmete v zlato in proizvede eliksir življenja, ki pivcu podari nesmrtnost.
Čarobni predmet se je prvič pojavil v filmu Harry Potter and the Philosopher’s Stone, ki je izšel pod naslovom Harry Potter and the Sorcerer’s Stone v ZDA. Scholastic, ameriški založnik knjig o Harryju Potterju, je verjel, da ameriške bralce ne bo tako pritegnila knjiga o »kamnu filozofa«. Ta izbira je bila kritizirana, skupaj z amerikanizacijo knjig o Harryju Potterju, izdanih v Združenih državah: majhne spremembe so bile narejene v jeziku, ki so ga uporabljali liki iz strahu, da ga Američani ne bi razumeli.
Filozofski kamen je ključni element knjige. Nicolas Flamel je prijatelj Albusa Dumbledora, ravnatelja šole čarovništva in čarovništva Hogwarts. Oba sta sodelovala pri alkimijskih projektih, verjetno sta sodelovala s samim filozofskim kamnom, da bi raziskala njegove lastnosti. Flamel se tudi obrne na Dumbledoreja, da bi kamen obvaroval, in v zgodnjem delu knjige je bil prestavljen iz trezorja 713 v Gringottsu v Hogwarts, kjer naj bi bil varnejši.
Dumbledore v sodelovanju z več inštruktorji v šoli postavi vrsto ovir na pot Filozofskega kamna, da ga zaščiti. Serija začaranih zaščit je zasnovana tako, da preprečijo Voldemortu, da ne bi dobil filozofskega kamna, saj je Dumbledore zaskrbljen, da bo Voldemort znova vstal. Navsezadnje je Voldemort sposoben prodreti v vse zaščite, razen v zadnjo: Dumbledore spretno skrije kamen v Zrcalu Eriseda na način, da ga lahko dobi le nekdo, ki želi najti Filozofski kamen, a ga ne uporablja.
V lekciji o ciljih in motivih jo Harry dobi, ker se pogleda v ogledalo brez namena, da bi ga uporabil, in se uspešno upira poskusu Voldemorta, da bi na silo vzel filozofski kamen. Po tem vrhunskem prizoru je Filozofski kamen uničen, da ga Voldemort ne bi dobil, Nicolas Flamel in njegova žena pa se pripravljata na smrt. Harry je sprva zaskrbljen zaradi obeh, vendar Dumbledore poudarja, da je Flamel živ že več kot šeststo let in je verjetno pripravljen slediti “naslednji veliki pustolovščini” smrti.