Naravni habitat pajka na splošno sestavljajo njegovi viri hrane in naravno okolje. Podnebje in vsebina habitata pajka se lahko precej razlikujeta, odvisno od vrste in geografske lege pajka. Verjame se, da pajki naseljujejo skoraj vse ekosisteme na planetu, razen arktičnega, visokogorskega in podvodnega ekosistema. Številne svetovne vrste pajkov so se prisiljene razvijati in prilagajati na zelo različne habitate, kar je povzročilo zelo velike razlike v obnašanju od vrste do vrste in od celine do celine. Čeprav se habitati pajkov lahko zelo razlikujejo, vsi na splošno ponujajo stalen vir hrane in sprejemljive spremembe v podnebju.
Nekatere vrste imajo na primer raje habitat pajkov, ki omogoča gradnjo mreže v obliki lijaka, namesto velike mreže podobne mreže, ki jo gradijo mnoge druge vrste. Pajki, kot sta pajek hobo ali domači hišni pajek, običajno raje gradijo lijakaste mreže in zato lahko iščejo habitat tam, kjer obstajajo temne razpoke. Skalni piloti, kamniti ali opečni zidovi in območja s težkim pokrovom tal se štejejo za mesta, kjer se običajno nahajajo pajki z lijakastimi mrežami.
Nekatere vrste pajkov, kot je pajek rak, sploh ne gradijo mreže, ampak aktivno lovijo svoj plen. Te vrste običajno potrebujejo habitat pajkov, ki je zunaj in je močno poseljen z žuželkami. Vrtovi, gredice in odprti travniki so lahko priljubljeni življenjski prostori za pajke, ki aktivno lovijo.
Pajki, kot je orb pajek, so znani po tem, da gradijo dvignjene mreže, podobne mreže. Ti pajki se običajno prehranjujejo z letečimi žuželkami in potrebujejo življenjski prostor, ki jih ponuja v izobilju. Svoje domove lahko naredijo na drevesih in grmovnicah, pod napušči hiš ali občasno celo znotraj teh bivališč.
Pajki so na splošno prilagodljivi skoraj vsakemu habitatu. Ko se majhna populacija pajkov ujame v negostoljubno okolje, kot se včasih zgodi, se šteje, da bodo zelo verjetno razvili nove lastnosti, ki jim bodo sčasoma pomagale uspevati v tem habitatu. Pajki običajno ne morejo živeti v izjemno hladnem podnebju in ni znanih podvodnih vrst. Dober habitat pajkov bi moral zagotavljati stalno oskrbo s plenom za pajke in podnebje, ki ne dosega ekstremnega mraza. Večina pajkov bi se morala prilagoditi vsakemu habitatu, ki vključuje te stvari.