Ustna mikrobiologija je preučevanje bakterij, gliv in virusov, ki kolonizirajo usta. Ta drobna človeška flora pogosto živi tesno skupaj v želatinastih masah, znanih kot biofilmi. Čeprav so bili specifični sevi bakterij tradicionalno odgovorni za ustno patologijo, ki povzročajo bolezni dlesni in zobno gnilobo, je ustna mikrobiologija zapletena. Delovanja in učinki enega mikroorganizma lahko vplivajo na delovanje drugega in celotna kolonija tvori svoj majhen ekosistem v ustni votlini. Znanstveniki se še naprej učijo več o pomenu različnih vrst mikrobov, ki jih najdemo v zdravih in nezdravih ustih.
Študij ustne mikrobiologije je otežen, ker mnogi mikroorganizmi, ki kolonizirajo usta, ne rastejo v laboratorijskih pogojih. V zadnjem času je napredek pri prepoznavanju bakterij omogočil zbiranje in identifikacijo mikroorganizmov iz njihove DNK. Ta tehnika je bila uporabljena v projektu človeškega mikrobioma, katerega cilj je preslikati vse bakterije, ki so običajno prisotne v telesu. Ugotovljeno je bilo, da je število različnih mikroorganizmov v ustih več kot 700.
Interakcije med različnimi mikroorganizmi lahko pomenijo, da nekateri mikrobi proizvajajo dejavnike, ki zavirajo ali spodbujajo rast drugih. Bakterija, znana kot S. mutans, za katero je znano, da proizvaja kislino, ki povzroča zobno gnilobo, je lahko manj nevarna za zdravje, če se nahaja v bližini druge bakterije, ki proizvaja alkalno snov. Tiste bakterije, ki so ponavadi zgodnji kolonizatorji ust, imajo posebne sposobnosti, ki jim omogočajo, da se držijo zob in dlesni, medtem ko se kasnejši prihodi zanašajo na pritrditev na zgodnje naseljence.
Ker raziskovalci še naprej učijo več o ustni mikrobiologiji, se zdi, da preprosto odstranjevanje zobnih oblog, ki je snov, ki vsebuje mikroorganizme, morda ni najboljši odgovor na bolezni dlesni in zob. Odstranitev vseh mikrobov pusti prostor, ki bi ga nato lahko kolonizirali bolj škodljivi mikroorganizmi. To bi lahko nadomestilo uravnoteženo mešanico bakterij, ki morda niso predstavljale nevarnosti za zdravje, saj so potencialno škodljive učinke nekaterih mikrobov nevtralizirali ali zavirali drugi okoli njih.
Nekateri raziskovalci ustne mikrobiologije so predlagali, da bi lahko koristne bakterije uporabili za spreminjanje ravnovesja mikrobov v ustih. Če bi lahko v ustno votlino vnesli žive bakterije, ki bi zavirale rast mikrobov, ki proizvajajo kislino, in jih neškodljivo nadomestili, bi to lahko pripomoglo k zmanjšanju zobne gnilobe. Druga metoda odstranjevanja škodljivih bakterij bi vključevala napad z protimikrobnimi snovmi. Te bi bile vezane na molekule, ki se vežejo samo na škodljive vrste.