Za medicinskega laika se morda zdi povsem logično domnevati, da je najboljše zdravljenje krvnega strdka v veni ali arteriji kirurško odstraniti. To se imenuje trombektomija in dejansko ni najboljše zdravljenje za večino bolnikov. Namesto tega se trombektomija uporablja redkeje, kadar je potrebna takojšnja odstranitev strdka. Na splošno veljajo za zdravljenje prve izbire zdravila za razgradnjo strdka in redčenje krvi ter včasih namestitev filtra, ki preprečuje, da bi strdek v svoji obliki prešel v drug del telesa. To ne pomeni, da kirurška odstranitev strdka nikoli ni indicirana, vendar to ni zdravljenje, ki ga večina zdravnikov raje, saj prinaša večje tveganje.
Pri trombektomiji se do strdka običajno dostopa prek katetra, odstranitvi pa lahko sledi namestitev stenta ali filtra. Za preprečevanje nadaljnjega strjevanja na tem območju se lahko uporabijo zdravila. Vendar pa lahko dejanska odstranitev strdka odstrani tudi del obloge krvne žile, kar ustvarja tveganje v prihodnosti. To tveganje je na koncu, da bo nastalo več strdkov, kar predstavlja velike težave za osebo, ki ima operacijo. Nekatere izboljšane kirurške tehnike na tem področju se zdaj omenjajo kot odlična rešitev, vključno z uporabo naprav, ki izvajajo vakuumsko ekstrakcijo krvnega strdka, potem ko ga razbijejo z zdravili; te kažejo boljše rezultate kot starejše metode trombektomije.
Nekateri ljudje morda potrebujejo ta postopek zaradi drugih težav. Tisti, ki dolgoročno ne morejo jemati zdravil za redčenje krvi, bodo morda potrebovali kirurško odstranitev strdka. V nujnih primerih, ko imajo ljudje globoko vensko trombozo, ki ogroža zdravje okončine ali strdka v pljučnih arterijah, je lahko prednostna kirurška odstranitev, saj lahko odpravi znatno tveganje za zdravje. Kljub temu ni najboljša izbira za vse ljudi, vendar se to lahko spremeni in kirurške izboljšave bi ga lahko v prihodnosti naredile boljšo možnost.
Dejanski postopek je običajno dokaj preprost in ne traja veliko časa. Vaskularni kirurgi običajno izvajajo to operacijo in pod pogojem, da gre vse v redu, je veliko ljudi v operacijski sobi in iz nje v nekaj urah. Potrebovali bodo veliko nadaljnjega spremljanja, nekateri pa so tako bolni, da bodo pred odhodom domov potrebovali več dni okrevanja v bolnišnici.
Kot rečeno, je veliko tveganje nastanek dodatnih strdkov. Druga možna tveganja po operaciji vključujejo možgansko kap, krvni strdek, ki premika pljuča, ali pooperativno krvavitev. Tveganje se zmanjša z uporabo stentov, antikoagulacijskega zdravljenja ali namestitve filtra, splošna začetna stopnja uspešnosti teh operacij pa je 70 % ali več. Zapleti so bolj verjetni, če se trombektomija izvede pri bolniku, starejšem od 65 let, s kakršno koli vrsto motenj krvavitve ali ki ima napredovalo srčno ali ledvično bolezen ali sorodna stanja, kot je visok krvni tlak. Kadar so prisotna ta tveganja, morajo zdravniki pretehtati koristi takojšnje operacije v primerjavi z verjetnostjo zapletov.