Transkriptom je popolna zbirka RNA iz organizma, skupine celic ali celo določene celice. RNA se sintetizira iz DNK s postopkom, znanim kot transkripcija. RNK, ki je prisotna v celici in telesu, določa, kateri geni bodo izraženi, in se spreminja tekom življenja organizma, za razliko od DNK, ki ostane statična. Pritisk okolja je eden od vodilnih razlogov za spremembe, saj se telo poskuša prilagoditi spreminjajočim se okoljskim situacijam, da bi ohranilo svoje delovanje.
Transkriptom je veliko manjši od genoma organizma, popolne zbirke DNK v organizmu. Preprosto povedano, bi si lahko DNK predstavljali kot kuharsko knjigo, v kateri je navedena popolna zbirka receptov, ki jih je mogoče izdelati. Transkriptom je koda, ki določa, kateri recepti bodo narejeni in kdaj. Kuharska knjiga ostane statična skozi vse življenje, medtem ko se transkriptom spreminja kot odziv na okoljske dejavnike.
Pomemben del transkriptoma so molekule mRNA. Messenger RNA je RNA, ki komunicira z ribosomi v celicah, da usmerja celice v izdelavo različnih beljakovin. Te beljakovine se uporabljajo za najrazličnejše funkcije. Drugi deli morda ne kodirajo neposredno za proizvodnjo beljakovin, ampak opravljajo stvari, kot je določanje celične strukture in uravnavanje izražanja genov. Različne komponente transkriptoma skupaj ohranjajo delovanje organizma in določajo izražanje genov v tem organizmu.
V različnih celicah v telesu je transkriptom lahko zelo različen. Jetrne celice imajo na primer RNA, ki jih naredi jetrne celice in zagotavlja, da celice opravljajo potrebne funkcije. Po drugi strani imajo kožne celice drugačen transkriptom, ki aktivira gene, ki so potrebni, da celica postane kožna celica. Tako jetrne kot kožne celice imajo popolno kopijo genoma, vendar njihovi transkriptomi določajo, kateri deli genoma so aktivirani.
Tako kot pri DNK je možno sekvencirati RNA. Zaporedje transkriptomov je mogoče izvesti, da bi izvedeli več o delovanju celice in DNK gostiteljskega organizma ter identificirali kraje, kjer je izražanje genetskih informacij napačno. Ko na primer jetrna celica postane maligna, je to zato, ker transkriptom ne deluje tako, kot bi moral biti, in so se aktivirali geni za malignost ali pa celicam na nek način manjka regulacija, zaradi česar rastejo izpod nadzora. Zaporedje RNA v maligni celici lahko pomaga raziskovalcu ugotoviti, kateri gen je bil aktiviran ali inaktiviran, da je povzročil malignost.