Terapija mejne osebnostne motnje običajno uporablja psihoterapijo v daljšem časovnem obdobju, da bi bolnikom pomagala pri soočanju z vsakodnevnim življenjem. Včasih psihoterapevt predpiše zdravila za nadzor nihanja razpoloženja in samomorilnih nagnjenj, dokler se bolnik ne nauči obvladovati svoja čustva. Večina terapije mejnih osebnostnih motenj je osredotočena na poučevanje bolnikov o orodjih za nadzor besa in izgradnjo bolj zdravih odnosov. Ena oblika terapije se poglobi v preteklost, da bi bolniku pomagala razumeti, zakaj se v določenih situacijah neustrezno odzove.
Nekateri terapevti verjamejo, da je terapija mejne osebnostne motnje izziv za zdravnika in bolnika. Motnja pogosto povzroči, da je pacient sumljiv do drugih, ti strahovi pa lahko vključujejo tudi terapevta. Bolniki običajno vidijo ljudi kot prijatelje ali sovražnike in imajo težave pri razločevanju vedenja na nevtralen način. Terapija mejne osebnostne motnje je zapletena zaradi bolnikovega neprimernega vedenja, ki včasih vključuje jezo do osebe, ki poskuša pomagati.
Na začetku terapije poskuša terapevt definirati cilje, ki jih pacient želi doseči, da bi izboljšal svojo sposobnost delovanja. Jasen niz pisnih smernic in pričakovanj pogosto pomaga pacientu in zdravniku, da ostaneta na pravi poti med terapijo mejne osebnostne motnje. Včasih se med obema strankama sklene pogodba, pri čemer se pacient zaveže, da ne bo poskusil samomora, saj je samopoškodovanje pogost simptom motnje.
Tisti, ki trpijo zaradi tega stanja, na splošno kažejo nizko samopodobo in se bojijo, da bi jih zapustili. Nagnjeni so k pretiranemu čustvenemu odzivu v situacijah, ki vključujejo druge ljudi. Vztrajno težki odnosi so eden od glavnih znakov, da oseba potrebuje terapijo.
Terapevti bolnika pogosto učijo različnih načinov reševanja konfliktov namesto jeze ali pretiranega reagiranja. Zdravnik pomaga pacientu najti nedestruktivne načine za obvladovanje in spreminjanje vedenja, ki se obravnava kot negativno. Obravnavanje frustracije je še en kritičen del terapije mejne osebnostne motnje, ki se rutinsko uporablja. Ena oblika terapije pacienta popelje nazaj v otroštvo, da razišče vsak notranji konflikt, ki bi lahko izviral iz preteklih izkušenj.
Zdravila proti anksioznosti so včasih v pomoč pri nadzoru samomorilnih misli ali nagnjenosti k samopoškodovanju med začetnimi sejami terapije. Nekateri terapevti uporabljajo zdravila, da pacient ostane miren, dokler ne more uporabiti bolj zdravih veščin obvladovanja, ki so se jih naučili v terapiji. Ocenjuje se, da zdravljenje mejne osebnostne motnje traja vsaj eno leto, ker je bolnik običajno dolgo uporabljal neustrezne veščine obvladovanja, preden je poiskal pomoč.