Masni spektrometer je instrument, ki se pogosto uporablja za merjenje mase molekul, ki lahko pomaga identificirati spojine v vzorcu. Nabiti delci, imenovani ioni, se sprostijo iz vzorca in analizirajo. Instrument z več analizatorji se imenuje tandemski masni spektrometer (MS/MS). Običajno je sposoben fragmentirati molekule in ione, pogosto se uporablja za identifikacijo beljakovin in drugih organskih snovi. Instrument lahko vključuje spektrometre ene vrste ali jih kombinira več; včasih so vgrajeni dva, trije ali štirje analizatorji.
Eno vrsto molekule ali beljakovine lahko izoliramo z magnetnim poljem v tandemskem masnem spektrometru. Za to je mogoče uporabiti prvi analizator. Ione pogosto stabilizira drugi analizator, preden so molekule izpostavljene plinu. Trki na molekularni ravni povzročijo, da se delci razbijejo na drobce, ki jih zazna tretji analizator. Čeprav obstaja več metod za fragmentiranje molekul, se včasih lahko uporabi en analizator s kvadrupolno ionsko pastjo, ki ione izpostavi električnim poljem in jih izvrže iz radiofrekvenčnega polja.
Detektor tandemskega masnega spektrometra običajno sledi ionski aktivnosti. Nato ustvari signal, ki se pošlje v računalniški sistem, ki shranjuje podatke. Grafična slika se običajno uporablja za označevanje, kaj je v vzorcu in kakšna je molekulska masa posamezne snovi. Graf lahko prikazuje tudi količino vsake vrste molekule ali beljakovine v vzorcu. Obstajajo različne vrste detektorjev, ki se lahko uporabljajo v MS/MS, ki vključujejo fotopomnoževalce, zasnovane za zaznavanje elektromagnetne energije, ali množitelje elektronov, ki so vakuumske cevi, ki trčijo elektrone za ojačanje toka.
S tandemskim masnim spektrometrom je mogoče izvesti različne vrste eksperimentov. Običajno je običajno spremljanje ene mase, pri katerem prvi analizator dopušča vrsto delcev, drugi pa išče določen fragment. Spremljanje več reakcij vključuje sledenje različnim vrstam ionskih fragmentov z drugim analizatorjem. Oba se pogosto uporabljata v farmacevtskih študijah, medtem ko poskusi s prekurzorskim ionskim skeniranjem na splošno pomagajo odkriti izgube ionov in odkriti neznane molekularne komponente.
Tandem masni spektrometer se lahko uporablja tudi kot orodje za presnovo. Uporabljali so ga za iskanje motenj pri novorojenčkih, povezanih z beljakovinami, imenovanimi aminokisline. Stanje krvi, ščitnice in presnovne bolezni je mogoče odkriti z analizo vzorcev krvi z MS/MS v laboratorijih.