Strukturni primanjkljaj je javnofinančni primanjkljaj, ki je neodvisen od poslovnega cikla – ostane tudi, ko je gospodarstvo v polnem potencialu. Ta nastane, ko država porabi več, kot lahko prinese dolgoročno povprečje davčnih prihodkov. Komponenta proračuna, ki je odvisna od osek in tokov poslovnega cikla, se imenuje ciklični primanjkljaj. Ekonomisti na splošno menijo, da je strukturni primanjkljaj veliko resnejši od cikličnega primanjkljaja, saj pomeni nevzdržno porabo.
Primanjkljaj nastane, ko državni davčni prihodki ne pokrijejo v celoti njenih odhodkov. V času recesije se ciklična komponenta primanjkljaja običajno poveča iz več razlogov. Prvič, recesija pomeni, da je neto dohodek države padel pod potencialno, zato bo znesek obdavčljivega dohodka nižji od povprečja. Drugič, vlade ponavadi znižujejo davčne stopnje med recesijo, da bi spodbudile gospodarstvo. Tretjič, poraba za socialne programe, kot so socialna pomoč, Medicaid in boni za hrano, se tudi v času recesije ponavadi poveča.
Keynesianska ekonomija, vplivna ekonomska teorija, zagovarja prevzemanje cikličnega primanjkljaja, ko bi to lahko pospešilo okrevanje po recesiji. Prevzem visokega strukturnega primanjkljaja pa se na splošno ne šteje za zaželeno strategijo, saj ostaja tudi, ko je gospodarstvo polno zaposleno. Polna zaposlenost ni nikoli dejansko dosežena v resnični državi, vendar je lahko koristna v ekonomskem modelu za prikaz zgornje meje potenciala prebivalstva za ustvarjanje prihodkov.
Naložbe so ena od utemeljitev za prevzem strukturnega primanjkljaja. Države vlagajo v svojo prihodnost na enak način kot posamezniki. Če se šteje, da je izplačilo naložbe vredno nastajanja zahtevanega zneska dolga, si vlade izposodijo denar in prevzamejo strukturni primanjkljaj. Pogost primer tega so naložbe v infrastrukturo, kot so ceste in železnice. Čeprav so ti projekti dragi, ustvarjajo delovna mesta in se lahko uporabljajo več let.
Strukturni primanjkljaj Združenih držav (ZDA) se je na primer v zadnjih desetletjih močno povečal in je kontroverzno vprašanje v ameriški politiki. Politiki se redko strinjajo, ali je določena pobuda vredna dolgoročnega zadolževanja ali ne. Po eni strani lahko nekatere naložbe povečajo varnost in blaginjo v prihodnjih letih. Po drugi strani bodo bodoči davkoplačevalci soočeni z dolgovi in obrestmi zaradi strukturnega primanjkljaja. Čeprav je ustvarjanje tovrstnega primanjkljaja smiselno v nekaterih situacijah, kot je neposredna kriza nacionalne varnosti, ga ekonomisti na splošno opozarjajo.