Somatska hipermutacija (SHM) je mehanizem, s katerim se imunski sistem prilagodi, da prepozna antigene, s katerimi se prej ni srečal. Ta mehanizem je prevladujoča metoda pri ljudeh in omogoča celicam imunskega sistema, da diverzificirajo svoje receptorje s spodbujanjem mutacije v variabilnih regijah imunoglobulinskih genov. Te regije tvorijo vezavna mesta protitelo-antigen in prispevajo k sposobnostim specifičnosti vsakega protitelesa, kar omogoča posebno prepoznavanje antigena.
Ko tuj antigen, kot je mikrob, pride v stik z imunskim sistemom, ga celice B prepoznajo kot neznanega. B celice se nato aktivirajo in spodbudijo k proliferaciji. Med to proliferacijo se DNK variabilne regije imunoglobulina prepisuje in prevaja z zelo visoko hitrostjo, približno 105-106-krat hitreje kot običajna mutacija. Ta somatska hipermutacija omogoča hiter odziv, ki je bistven za učinkovit imunski sistem.
Domneva se, da je somatska hipermutacija dosežena z deaminacijo citozinske baze v DNK z aktivacijsko inducirano deaminazo (AID), ki jo pretvori iz deoksicitidina v deoksiuracil in povzroči novo DNK. Ta nova DNK vsebuje neusklajenost uracil-gvanina, ker se uracil običajno pojavlja v RNA, kjer je seznanjen z adeninom, gvanin pa je običajno v paru s citozinom v DNK. Popravek te mutacije se zgodi z odstranitvijo z visoko zmogljivim encimom za popravilo DNK, uracil-DNA glikozilazo (UNG2), čemur sledi sinteza novih verig DNK z DNK polimerazo. Ta proces pa je nagnjen k napakam in lahko povzroči zamenjavo napačnih nukleobaz na prvotnem mestu deaminacije ali sosednjih baznih parih. To ustvarja “vročo točko”, ki je ranljiva za mutacije vstavljanja in brisanja.
Rezultati somatske hipermutacije se nato prepišejo in prevedejo, kar povzroči veliko število B celic, ki nosijo različne receptorje in specifičnost, kot jih kodirajo hipermutirane regije. Tiste B celice s protitelesi, ki kažejo največjo afiniteto za antigen, ki je prvotno spodbudil proliferacijo, se bodo nato diferencirali v plazemske celice, ki bodo proizvedle ustrezna protitelesa, določena z afiniteto, in v spominske celice B. Te diferenciacije in zorenje afinitete bodo nato omogočile imunskemu sistemu, da proizvede večji in učinkovitejši odziv, če se antigen sreča v prihodnosti.
Somatska hipermutacija se pojavi v posameznih imunskih celicah, zato se prenaša samo znotraj ene posamezne celične linije. Poleg tega se mutacije ne prenašajo na nobenega potomca. Težave pa lahko nastanejo, ker somatska hipermutacija vključuje tudi celice, ki se samodejno izbirajo proti lastnim celicam organizmov. Če pride do neuspeha v tem procesu, se lahko izzove avtoimunski odziv.