Skenirni elektronski mikroskop je kos opreme, ki uporablja visokoenergijske elektronske žarke za ustvarjanje informacij o mikroskopskem vzorcu. Ustvarjene informacije se nato razrešijo v sliko vzorca. Skenirni elektronski mikroskopi so do 250-krat močnejši od svetlobnih mikroskopov in lahko povečajo slike do 500,000-krat.
Standardni skenirni elektronski mikroskop lahko razloči slike predmetov, velikih do pet nanometrov. En nanometer je milijarda metra ali približno štiri milijardenke palca. Ti mikroskopi lahko ustvarijo natančne slike organizmov, tako majhnih, kot so virusi, in celo bakteriofagov, ki so virusi, ki okužijo bakterije.
Poleg sposobnosti povečanja tako majhnih vzorcev je še ena uporabna lastnost skenirnega elektronskega mikroskopa, da lahko ustvari tridimenzionalne slike. To je zato, ker imajo mikroskopi široko globinsko ostrino, kar omogoča, da predmeti v ozadju in ospredju ostanejo hkrati v fokusu. Zaradi tega je skenirna elektronska mikroskopija zelo uporabna za določanje površinske strukture in 3D oblike vzorcev.
Zaradi načina delovanja stroja je pravilna priprava vzorca bistven vidik skenirajoče elektronske mikroskopije. Pri pripravi sta dva pomembna dela. Prvo je dejstvo, da morajo biti vzorci prevlečeni z električno prevodno snovjo, kot so zlato, platina ali krom. To je pomembno za zmanjšanje kopičenja elektrostatike med postopkom. Drugi pomemben vidik je, da se vzorci pregledajo v vakuumu, kar pomeni, da morajo biti popolnoma suhi. Zaradi tega so biološki vzorci kemično fiksirani s snovjo, kot je formaldehid, da se ohrani struktura tkiva.
Delovanje skenirnega elektronskega mikroskopa vključuje elektronsko pištolo, magnetne leče in detektor elektronov. Ko je vzorec postavljen na oder mikroskopa in se postopek začne, začne elektronska pištola streljati. Pištola izstreli elektronski žarek skozi anodo, nato skozi dve magnetni leči in nato detektor elektronov.
V povezavi s kondenzatorsko lečo mikroskopa ta postopek učinkovito koncentrira snop elektronov, tako da lahko natančno udari v vzorec. Ko se to zgodi, začnejo elektroni komunicirati z vzorcem, detektorji v mikroskopu pa štejejo število interakcij, ki se pojavijo. Število interakcij nato narekuje, kako se pojavijo slikovne pike na monitorju, ki prikazuje slike. Več interakcij se pojavi, svetlejši so piksli. Kontrast v svetlosti slikovnih pik sestavlja sliko.
Slike skenirnega elektronskega mikroskopa so ustvarjene brez uporabe svetlobnih valov; zato so slike vedno črno-bele. To so zelo podrobne tridimenzionalne slike, ki so kljub pomanjkanju barv izjemno natančne. Slike lahko obarvate, da postanejo bolj žive in izboljšajo kontrast.