Sežigalnica medicinskih odpadkov je peč, ki doseže zelo visoke temperature in se uporablja za uničevanje medicinskih odpadkov. To lahko vključuje naprave in zaloge, ki se uporabljajo za zdravljenje bolnikov, pa tudi biološke odpadke, kot so kri ali tkiva. Na splošno obstajajo stroge smernice, ki narekujejo, katere predmete je treba zažgati in katere je mogoče vsebovati na odlagališčih. Nekatere sežigalnice se nahajajo v prostorih bolnišnice ali zdravstvenega doma, druge pa na ločenih lokacijah.
Ko se sežigalnica medicinskih odpadkov nahaja v zdravstvenem domu, je pogosto nameščena nekje v kleti ali spodnjem nadstropju stavbe. Glavna prednost uporabe sežigalnice za odpravo stranskih proizvodov zdravljenja je, da toplota uniči vse potencialno škodljive in nalezljive bolezni, ki so lahko prisotne v takšnih odpadkih. To pretvori odpadne snovi v pepel, ki je popolnoma razkužen in varen za odstranitev, če je to potrebno.
Kadar uporaba sežigalnice medicinskih odpadkov poteka zunaj zdravstvene ustanove, je treba posebno pozornost nameniti preprečevanju širjenja bolezni med transportom. Odpadki se običajno dajo v debele vrečke za biološko nevarnost in nepredušno zaprejo, da preprečijo puščanje. Odpadki so pogosto označeni, da izvajalci kasneje natančno vedo, s čim imajo opravka. Obstajajo specializirani strokovnjaki, ki poberejo odpadke in jih odpeljejo v sežigalnico. Ti posamezniki so na splošno posebej usposobljeni za ravnanje s takšnimi odpadki brez širjenja bolezni.
Bolnišnice za živali in zdravstveni centri morajo uporabljati tudi sežigalnico medicinskih odpadkov, ker lahko številne bolezni, ki okužijo hišne in druge živali, neposredno ali posredno okužijo ljudi. Številne veterinarske bolnišnice jih imajo na lokaciji, čeprav včasih najdemo sežigalnice za hišne živali v pesjakih in drugih podobnih lokacijah. Te lokacije lahko sežigajo odpadke, pa tudi celotne hišne ljubljenčke za namene upepelitve. Lastniki lahko nato pepel shranijo v žaro, podobno kot pri upepeljevanju ljudi.
Neustrezno odlaganje ali uničenje medicinskih odpadkov bi lahko škodilo javnemu zdravju. Kri, tkivo, igle, umazani materiali in drugi predmeti lahko zlahka končajo v tleh ali vodi in onesnažijo okolico. Znano je, da se odpadni materiali pred uveljavljanjem strogih zakonov o njihovem odstranjevanju naplavljajo na plaže in druge lokacije, kjer bi njihova prisotnost lahko ogrozila prostoživeče živali in ljudi.