Šesta čakra, znana v sanskrtu kot ajna, se pogosto imenuje čakra tretjega očesa in naj bi jo našli na čelu, neposredno nad nosom. Po mnenju ljudi, ki prakticirajo kundalini in druge oblike joge, je ta čakra telesni center za duhovne energije, ki se nanašajo na natančno zaznavanje, razumevanje in mentalno ostrino. Energije šeste čakre naj bi vplivale na oči, možgane, epifizo in hipofizo. Verjame se, da neravnovesja ali blokade v tej čakri vodijo do migren, izgube vida, neprijetnih sanj in naprezanja oči. Praktikanti jogijske umetnosti verjamejo, da pozitivno razmišljanje, petje manter in izvajanje obrnjenih in ravnovesno usmerjenih jogijskih poz lahko očisti blokade iz šeste čakre in uravnoteži njene energije.
Energije šeste čakre naj bi močno vplivale na um in posledično na endokrini sistem. Izvajalci joge pogosto verjamejo, da sta um in telo tesno povezana, tako da lahko duševno stanje vpliva na fizično stanje. V skladu s temi prepričanji je verjetno, da bo tisti, ki goji pozitivne misli in miren, nadzorovan um, bolj verjetno užival v dobrem fizičnem zdravju.
Verjame se, da je čakra tretjega očesa odgovorna za sposobnost zaznavanja in razumevanja realnosti. Motnje v čakri tretjega očesa naj bi povzročile motnje v zaznavanju in odklop od realnosti. Menijo, da so negativne misli in čustva, kot je strah, posledica motenj v energijskem ravnovesju šeste čakre.
Mnogi praktiki joge verjamejo, da je primerna drža ključnega pomena za čiščenje šeste čakre in uravnoteženje njenih energij. Neustrezna drža, v kateri je dovoljeno, da glava štrli naprej, naj bi prispevala k blokadi čakre tretjega očesa. Gojenje pozitivnih misli in prepričanj naj bi bilo zelo koristno tudi za pravilno delovanje čakre tretjega očesa. Afirmacije in mantre z uporabo korenskega zvoka “om” naj bi bile koristne za osredotočanje energij čakre tretjega očesa.
Ljudje, ki vadijo hatha jogo, običajno verjamejo, da lahko jogijske poze, usmerjene v ravnotežje, koristijo čakri tretjega očesa. Verjame se, da poze, kot je poza plesalke, pomagajo umiriti in osredotočiti um. Verjame se, da tudi obrnjeni položaji, kot je stoja na ramenih, pomirjajo um in koristijo čakri tretjega očesa.