Zaporedje RNA je postopek določanja zaporedja nukleotidov v verigi ribonukleinske kisline ali RNA. RNA je sestavljena iz štirih nukleotidov, imenovanih adenin (A), gvanin (G), citozin (S) in uracil (S). Posebno zaporedje nukleotidov je “koda”, ki vsebuje genetske informacije, ki se uporabljajo za proizvodnjo različnih vrst beljakovin ali za samostojno izvajanje določene funkcije. Genetske kode v obliki zaporedij nukleotidov opredeljujejo skoraj vsak biološki proces, ki vključuje razvoj in delovanje organizma. Zaporedje RNA je torej ena vrsta raziskav, katerih cilj je odkriti natančno naravo te genetske kode in povezati kodo s specifičnimi strukturami in funkcijami znotraj organizma.
Znanstveniki sekvencirajo deoksiribonukleinsko kislino ali DNK veliko pogosteje kot sekvenco RNA. DNK je podobno sestavljena iz nukleotidov, vendar so razporejeni v dvojni vijačnici. “Transkripti” RNA so dejansko narejeni na podlagi zaporedja nukleotidov na verigi DNK – DNK je ponavadi bolj robustna kot RNA, ker je treba veliko verig RNA izdelati iz enega samega zaporedja DNK. Poleg tega DNK vsebuje “introne” ali nekodirajoče segmente DNK, ki se med transkripcijskim postopkom uredijo in jih zato sekvenciranje RNA ne zazna. Zaporedje RNA je še vedno pomembno, čeprav je v mnogih primerih potrebno RNA najprej “povratno prepisati” nazaj v DNK, preden jo zaporedimo.
Dejstvo, da zaporedje RNA ni nujno enako zaporedju DNK, iz katerega je bilo prepisano, je eden od glavnih razlogov, da znanstveniki dejansko izvajajo poskuse sekvenciranja RNA. Zaporedje RNA omogoča znanstvenikom, da odkrijejo, kateri deli predloge DNK so bili urejeni med prepisovanjem. Če to vedo, lahko nato preučijo, kako in zakaj je bilo zaporedje urejeno. Eden od zanimivih problemov v biologiji je dejstvo, da se zdi, da je velik del genoma ali seštevanja genetskih informacij znotraj organizma neizkoriščen. Učenje, katera zaporedja se uporabljajo in katera ne, je pomemben korak pri raziskovanju zapletenosti teh neuporabljenih segmentov genetskih informacij.
Razvoj učinkovitejših in učinkovitejših metod sekvenciranja RNA je pomemben poudarek mnogih raziskovalcev v biotehnologiji. Raziskovalci morajo na splošno reverzno prepisati RNA v DNK, preden dejansko vzamejo zaporedje. Raziskovalci želijo razviti metode, ki omogočajo učinkovito neposredno sekvenciranje RNA, ne da bi poškodovali verige RNA. Poleg tega želijo raziskovalci najti visoko zmogljive metode, ki jim omogočajo sekvenciranje številnih verig RNA med enim postopkom sekvenciranja RNA.