Kaj je retrotranspozon?

Transpozoni so deli DNK, ki so mobilni ali se lahko premikajo na različna mesta znotraj genetskih informacij celice. S premikanjem na novo lokacijo znotraj genoma celice lahko transpozoni povzročijo mutacije in spremenijo količino DNK, ki jo najdemo v celici. Imenujejo jih tudi skakajoči geni in so razvrščeni v dve kategoriji, ki sta transpozoni razreda II in transpozoni razreda I ali retrotranspozoni. Razlika med tema dvema razredoma je povezana s tem, kako se premikata; retrotranspozon ima dvostopenjski proces gibanja.

Metoda gibanja segmenta DNK je, kako so transpozoni razvrščeni v vsako kategorijo. Transpozon razreda II je del DNK, ki se premika z enega mesta na drugega. Premikanje transpozona razreda I ali retrotranspozona je veliko bolj zapleteno in vključuje dva koraka za premikanje segmenta DNK.

Prvi korak za gibanje retrotranspozona je ustvariti segment RNA s prepisovanjem koščka DNK. RNA se zdaj lahko prosto premika po genomu, saj ni vezana na verigo DNK. Ko RNA doseže novo lokacijo, poseben encim, imenovan reverzna transkriptaza, naredi novo verigo DNK, ki temelji na segmentu RNA. Ta novi del DNK je nato pritrjen na novo lokacijo v genomu.

Ko se retrotranspozon prepiše nazaj v segment DNK iz kopije RNA, ima običajno dolge končne ponovitve (LTR) na koncu zaporedja DNK. LTR so sestavljeni iz ponavljajočih se zaporedij baz, ki so lahko dolge stotine ali celo tisoče baz. Običajno obdajajo funkcionalni del DNK, kot je gen, in so potrebni za pritrditev segmenta DNK na prvotno verigo DNK. LTR so eden od načinov, kako lahko znanstveniki prepoznajo, da del DNK vsebuje retrotranspozon. Menijo, da približno 42 % celotnega človeškega genoma sestavljajo retrotranspozoni.

Zaradi dejstva, da se nove kopije DNK naredijo z reverzno transkripcijo RNA, je dodajanje retrotranspozona način za povečanje količine DNK, ki se nahaja v eni celici. Če je retrotranspozon vstavljen znotraj gena ali blizu gena, lahko povzroči mutacijo. Mutacije so v bistvu spremembe v zaporedju DNK in imajo lahko pozitiven, negativen ali noben učinek na genom, odvisno od tega, kako se spremeni zaporedje DNK.