Ko je bil izraz protoplazma prvič uporabljen leta 1835, se je nanašal na čisto, poltekočo snov v celični membrani vseh živih bitij. Takrat so znanstveniki verjeli, da je v celici samo ena vrsta tekočine in da je odgovorna za vse funkcije. Ta koncept je bil revidiran, saj je razvoj znanstvene opreme raziskovalcem omogočil, da odkrijejo neverjetno kompleksnost celice. Zdaj izraz nima več posebnega tehničnega pomena, ampak se uporablja za opis vse snovi znotraj sten celice, vključno s citoplazmo, jedrom in različnimi organeli.
Protoplazma je sestavljena iz 90 % vode, mineralnih soli, plinov, kot sta kisik in ogljikov dioksid, beljakovin, lipidov ali maščob, ogljikovih hidratov, nukleinskih kislin in encimov. V tej kompleksni enoti so številna majhna telesa, imenovana organele, strukture, ki imajo različne namene. Prvi organel, ki so ga odkrili, je bilo jedro. Drugi vključujejo mitohondrije, endoplazmatski retikulum (ER), Golgijev aparat, kloroplaste in plastide. Bistra, želeju podobna tekočina, ki napolni celico, se zdaj imenuje citoplazma.
Možgani celice, jedro, nadzorujejo vse celične dejavnosti in so odgovorni za prenos dednih značilnosti skozi reproduktivni proces celične delitve, imenovan mitoza. Znotraj jedra je jedro, središče za RNA, in kromatinska mreža, ki je sestavljena iz DNK in sintetizira beljakovine, ki tvorijo kromosome. Prav tako nadzoruje encime, ki uravnavajo funkcije drugih delov celice.
Električne enote celice so mitohondriji, ki vsebujejo encime, potrebne za celično dihanje, proces, s katerim celica proizvaja ATP in sprošča odpadke. ATP, ki je sestavljen iz adenina, riboze in treh fosfatov, je primarni vir energije za vse druge celične reakcije. Število mitohondrijev, prisotnih v celicah, se razlikuje glede na vrsto celice in energetske potrebe, ki jih ima. Nekatere celice imajo lahko samo en mitohondrij, druge celice pa na tisoče.
Druga organela, ki se nahaja v protoplazmi, je Golgijev aparat ali Golgijeva telesa, poimenovana po italijanskem znanstveniku Carmillu Golgiju, ki jih je odkril. Golgijev aparat je sestavljen iz prepognjenih vrečk, prekritih z membrano, ki hranijo in sčasoma prenašajo beljakovine, ki jih proizvaja endoplazmatski retikulum (ER) celice. Preden sprosti beljakovino za uporabo drugje v celici, Golgijevo telo naredi več modifikacij. Poleg tega ta pomembna struktura proizvaja kompleksne sladkorje in lizosome, molekule, ki delujejo kot odstranjevanje smeti, prebavljajo mrtve ali nepotrebne komponente v celici.
ER v protoplazmi je odgovoren za proizvodnjo večine beljakovin in lipidov, ki jih uporabljajo drugi organeli v celici. Obstajata dve vrsti ER; grobi ER, ki ima pritrjene ribosome, in gladek ER, ki nima ribosomov. Grobi ER proizvaja beljakovine in jih pošlje v Golgijev aparat. Smooth ER je skladišče, ki shranjuje ione ter ustvarja in shranjuje steroide za nadaljnjo uporabo.
Nekatere organele najdemo le v protoplazmi rastlinskih celic. Sem spadajo kloroplasti in plastidi. Kloroplasti vsebujejo rastlinski klorofil in so središče procesa fotosinteze. Plastidi so rastlinski organeli, ki sodelujejo pri številnih pomembnih funkcijah, vključno z opraševanjem, fotosintezo in sintezo maščob, škroba in beljakovin.