Proteinski antigen je beljakovina, ki lahko stimulira tvorbo protiteles s strani imunskega sistema in na katero se bo imunski sistem odzval, če jo identificiramo v telesu. Antigene je mogoče izdelati iz številnih spojin, med najpogostejšimi so proteinski antigeni. Raziskovalci, ki jih zanimata imunski sistem in proces bolezni, so odkrili številne beljakovinske antigene, antigene pa se veliko uporabljajo v raziskavah, diagnostiki in zdravljenju.
Eksogeni proteinski antigen je beljakovina, ki jo zunaj telesa proizvaja drug organizem. Primer je lahko beljakovina, ki jo proizvaja virus, ki jo nekdo zaužije. Ko imunski sistem vidi to beljakovino, jo prepozna kot tujek in spodbudi proizvodnjo protiteles, ki se lahko zaskočijo in napadejo antigen. To je ena od obrambnih linij telesa pred povzročitelji bolezni.
V telesu nastajajo endogeni proteinski antigeni. Zelo pogosto jih opazimo pri celični smrti. Celice v telesu se lahko programirajo za proizvodnjo teh antigenov, tako da imunski sistem ve, kdaj je čas za razgradnjo celice in recikliranje njenih komponent. To vrsto proteinskega antigena lahko imunski sistem uporabi tudi za označevanje okuženih celic za uničenje.
Druga vrsta proteinskega antigena je avtoantigen. Avtoantigeni so snovi, ki se običajno nahajajo v telesu in se običajno razumejo kot neškodljive, ki jih telo začne prepoznavati kot antigen. Avtoantigeni so vpleteni v avtoimunsko bolezen, pri kateri telo začne napadati samo sebe, ker gre programiranje imunskega sistema narobe. V tem primeru imunski sistem oceni, da je beljakovina, ki je dejansko del telesa, škodljiva in imunski sistem deluje, da jo odstrani, čeprav lahko to povzroči poškodbe telesa.
Cepljenja lahko vključujejo nadzorovan vnos antigena, pogosto proteinskega antigena, v telo, da mu omogoči tvorbo protiteles, ne da bi bilo izpostavljeno tveganju bolezni. Antigene lahko uporabimo tudi pri testih; če zdravnik sumi, da ima bolnik določen virus, na primer lahko vzorec krvi vnesemo v izbor antigenov, da vidimo, na katere antigene se veže. Identifikacija antigenov je lahko pomembna tudi za krvne preiskave, ki se izvajajo za ugotavljanje, ali so nekateri odporni na bolezen ali ne, ali je bil nekdo izpostavljen bolezni.