Primerjalni mikroskop je sestavljen iz dveh ločenih mikroskopov, povezanih skupaj in se uporablja za primerjavo dveh predmetov ali vzorcev. Vrsta naprave, imenovane optični most, omogoča uporabniku ogled obeh vzorcev hkrati. Ta vrsta mikroskopa je pomembna pri kazenskem pregonu – na področju kriminalistične forenzike in balistične analize. Omogoča med seboj primerjavo nabojev in delčkov krogel ter drugih forenzičnih dokazov, ki se lahko uporabijo za dokazovanje krivde ali za oprostitev osumljenca nekaterih kaznivih dejanj.
Mikroskop je eden najpomembnejših izumov v zgodovini človeštva. Omogočil je napredek številnih znanosti in revolucioniral številne naše ideje o skoraj vsaki fizični znanosti in celo spodbudil ustvarjanje novih znanosti. Zamisel o združitvi dveh mikroskopov, ki bi omogočila študij dveh vzorcev hkrati, je bila le razširitev že dobro razvitih tehnologij, ki se uporabljajo za izdelavo standardnih mikroskopov. Optični most zgodnjega primerjalnega mikroskopa ni bil nič več kot dva para ogledal, po eno za vsak mikroskop, ki sta usmerjala posamezne slike v en sam pregledovalnik, pri čemer sta ustvarila stranski pogled obeh vzorcev v eni sliki.
Izum te nove vrste mikroskopa je povzročil napredek številnih znanstvenih disciplin, zlasti balistike in kazenske forenzike. Sposobnost pregleda in primerjave dveh vzorcev drug ob drugem je omogočila pozitivno ugotovitev, ali sta bili dve krogli izstreljeni iz ene pištole ali iz različnih pušk. Z uporabo testno izstreljene krogle kot kontrole je bilo mogoče tudi ugotoviti, ali je bila določena krogla izstreljena iz določene puške ali ne.
Njegovemu izumu so sledile številne druge uporabe primerjalnega mikroskopa v forenziki. Vzorce skoraj katerega koli materiala je mogoče primerjati, da bi ugotovili prenos ali sledljivost dokazov. Na ta način lahko primerjamo tudi vzorce las in prstne odtise. Primerjamo lahko tudi vzorce rokopisa in biološke vzorce, kot so bakterije in alge. Orodja lahko primerjamo, da ugotovimo, katera orodja so bila uporabljena na predmetu, ali da primerjamo referenčno orodje s tistim, za katerega je znano, da je bilo uporabljeno pri kaznivem dejanju.
Sodobne tehnologije so omogočile številne izboljšave osnovnega primerjalnega mikroskopa. Računalniki in optična vlakna omogočajo prikazovanje slik na monitorjih ali projekcijskih zaslonih in nalaganje ena na drugo. V primerjalnem mikroskopu je lahko na voljo veliko možnosti, kot so osvetlitev, stopnje povečave in možnost fotografiranja primerjav vzorcev.