Primerjalna anatomija je preučevanje fizičnih struktur znotraj in med vrstami, rodovi in klasifikacijami življenja na višji ravni. Koncepti homolognih, analognih in zaostalih struktur so temeljni za področje in podpirajo to področje. Poleg zoologije je tesno povezana s filogenijo, ki se ukvarja z evolucijo vrst, pa tudi z evolucijsko biologijo in paleontologijo. Informira tudi o kladistiki, prevladujoči metodologiji, ki se uporablja za identifikacijo in razvrščanje vrst prednikov in potomcev organizmov v evolucijske skupine.
Flamski znanstvenik Andreas Vesalius iz 16. stoletja je postavil temelje za razvoj primerjalne anatomije z izdajo De Humani Corporis Fabrica Fabrica Libri Septem iz leta 1534, tj. Sedem knjig o zgradbi človeškega telesa. Objava Fabrice, kot je na kratko, je sprožila novo tradicijo empiričnega preučevanja anatomije in nastanek sodobne primerjalne anatomije, katere ustanovitev pripisujejo angleškemu znanstveniku in zdravniku iz 17. stoletja Edwardu Tysonu.
Razlike in podobnosti v primerjalni anatomiji, ki so zdaj dopolnjene s študijami molekularne biologije, so osnova za vzpostavitev evolucijskih odnosov med vrstami in med njimi. Študija primerjalne anatomije je dala močne dokaze, ki podpirajo teorijo evolucije. Verjame se, da so organizmi, ki imajo podobne anatomske strukture od zarodkov do odraslih oblik, v evolucijskem smislu tesno povezani. Domneva se tudi, da imata skupnega prednika.
Eden od temeljnih konceptov primerjalne anatomije je koncept homolognih struktur. Homologne anatomske strukture so tiste, ki jih najdemo v organizmih, ki so si po embriološkem razvoju in obliki zelo podobni, vendar se razlikujejo po funkciji. Verjame se, da obstoj homolognih struktur pomeni, da so organizmi evolucijsko tesno povezani in da imajo skupnega prednika. Prednje okončine sesalcev – kot so hrbtne plavuti kitov in delfinov, prednje noge mačk in psov ter roke in noge ljudi in drugih primatov – so primeri homolognih struktur.
Anatomske strukture, ki jih najdemo v organizmih, ki se razlikujejo glede na razvoj in morfologijo, vendar so podobne po funkciji, so znane kot analogne strukture. Razlike v embrionalnem razvoju in končni obliki pomenijo, da med obema organizmoma ni tesne evolucijske povezave in da nimata skupnega prednika. Primer podobnih struktur so krila žuželk in ptic.
Drug pomemben koncept je koncept rudimentnih struktur. Anatomske značilnosti, ki jih najdemo v organizmu, ki ne opravljajo več nobene funkcije, se imenujejo vestigialne strukture. Pogosto so zmanjšane v velikosti, kot je človeški slepič. Prisotnost značilnosti v enem organizmu in rudimentarne v drugem pomeni, da imata skupnega evolucijskega prednika in sta v evolucijskem smislu tesno povezana. Kiti, na primer, imajo kosti zadnjih nog, podobne tistim kopenskih sesalcev.