Prezbiterijanska teologija izhaja iz protestantizma in izvira iz naukov Johna Calvina. Glavno načelo, ki ureja prezbiterijansko teologijo, je, da odrešitev prihaja samo z vero, ne s čaščenjem podob in svetnikov ali molitvijo za mrtve. Nekateri od pomembnih voditeljev prezbiterijanske cerkve so bili John Knox na Škotskem ter Ulrich Zwingli in Heinrich Bullinger v Švici.
Izraz »prezbiterijanec« izhaja iz besede presbyteros, ki je grška beseda za »starejši«. Organizacija prezbiterijanske cerkve je podobna organizaciji protestantskih cerkva, ki so sprejele ideje protestantske reformacije v Švici. Prezbiterijansko cerkev upravljajo duhovniki, ki jih demokratično izvolijo lokalne krščanske skupnosti tako moški kot ženske. So tudi člani cerkvenih svetov, prezbiterijev, sinod, državnega sveta in vrhovnega sveta.
Teologija prezbiterijanske cerkve sprejema tako apostolsko kot tudi nicejsko vero. Med poudarki te vrste teologije so božanska izvoljenost, Božja suverenost, pomen zakramentov in popolno ravnovesje pobožnosti in intelektualne kulture. Tudi če ta teologija izhaja iz Calvinovih naukov, ne uči, da je Bog nekatere ljudi vnaprej določil za odrešenje, druge pa za pogubljenje. Prezbiterijanci menijo, da čeprav si vsi ljudje zaslužijo kazen za svojo grešno naravo, se je Bog odločil, da izbere število za odrešenje in pusti drugim, da sledijo svoji poti.
V prezbiterijanski teologiji sta sprejeta le dva zakramenta, ki ju je postavil Jezus: krst in Gospodova večerja. Prezbiterijanci verjamejo, da je krst Jezusov zakrament, v katerem se človeku, ki vstopi v cerkev, podari novo rojstvo in odpuščanje grehov. Krst se opravi v imenu Očeta, Sina in Svetega Duha in se lahko opravi le enkrat v življenju. Voda se uporablja kot zunanji element krsta, vendar potopitev ni potrebna. Gospodova večerja spominja na Jezusovo žrtev na križu, zunanji elementi – kruh in vino – pa simbolizirata Jezusovo telo oziroma kri.
V prezbiterijanski teologiji je Sveto pismo sredstvo, s katerim kristjani spoznavajo navzočnost Boga v vseh vidikih človeškega življenja, od začetkov časa do današnjih dni. Prezbiterijanci verjamejo, da je večno Božjo dobroto in nenehno ljubezen do njegovega stvarstva mogoče razumeti s preučevanjem Svetega pisma. Staro in Novo zavezo uporabljajo prezbiterijanci.
Prezbiterijanske šole obstajajo v vseh državah, kjer je ta cerkev prisotna. Mnogi od njih otrokom ponujajo tradicionalno izobraževanje po moralnih načelih prezbiterijanstva. Za ljudi, ki jih zanima pridobitev teološke diplome, prezbiterijanske šole ponujajo tečaje, povezane s prezbiterijansko teologijo, misijonskim delom in pastoralnim svetovanjem.