Deoksiribonukleinsko kislino (DNK) lahko izmerimo v celičnih vzorcih s pretočno citometrijo DNA. Postopek običajno vključuje uporabo biološkega vzorca, katerega celice so označene s fluorescentnimi snovmi in prepuščene skozi laserski žarek. Računalniki lahko nato določijo vrste celic, vključno z imunskimi celicami pomočnic, zaviralcev ali ubijalk, ki so na primer prisotne. Postopek je običajno hiter, zato je mogoče vsak dan analizirati na stotine vzorcev in pogosto analizirati tudi številne vrste celic. Običajno pomaga pri karakterizaciji vsebnosti DNK, ki se imenuje ploidnost, v vzorcu in se lahko uporablja v znanstvenih študijah rastlin ali za odkrivanje raka v krvi in napovedovanje prognoze bolnikov.
Rezultati pretočne citometrije DNK so pogosto prikazani na grafikonu, imenovanem historgram s paličnim grafom. Vrhovi v črtah običajno predstavljajo, kako koncentrirane so določene celice. Primerjave ene vrste celice z drugo lahko naredite tako, da si ogledate višino vsakega vrha na grafu. Pogosto je mogoče določiti tudi stanje DNK pri živalih in rastlinah. Celični cikli se pogosto analizirajo za eno ali drugo; vzorci, ki so pripravljeni za razmnoževanje, imajo na splošno DNK, ki je v drugačnem stanju kot celice med cikli delitve.
Če je nenavadno število celic v fazi delitve, lahko pretočna citometrija DNK pomaga pri diagnosticiranju nekaterih vrst raka. Analitiki pogosto lahko ugotovijo, ali tumor raste, kako agresiven je in kakšna je lahko napoved stanja. Pretočna citometrija je lahko uporabna za testiranje kostnega mozga na limfom ali levkemijo, imunske celice za napredovanje virusa humane imunske pomanjkljivosti (HIV) ali vzorce celic za odkrivanje raka želodca, jajčnikov ali prostate.
Sestavo genskega materiala lahko določimo tudi s pretočno citometrijo DNK. Zaznamo lahko bazne pare nukleotidov v DNK in ocenimo njihovo celotno sestavo. Vzorci se včasih merijo po odmerku sevanja za merjenje učinkov na celično genetiko. Analiziramo lahko tudi kromosome različnih vrst rastlin in njihove različice. Poleg iskanja bolezni se pretočna citometrija DNK pogosto uporablja za sledenje celičnih skupin.
Uporaba samo pretočne citometrije DNK za pripravo medicinske prognoze je včasih sporna. Podobne rezultate občasno opazimo pri testiranih malignih ali benignih tumorjih. Številni laboratorijski raziskovalci še naprej izboljšujejo proces v začetku 21. stoletja in ga uporabljajo za preučevanje stanja DNK v povezavi s celično aktivnostjo.