Pretočna citometrija je študija posameznih celic, ko tečejo skozi tekoči tok. Komponente celice, bodisi znotraj bodisi na površini, morajo biti najprej označene z enim ali več fluorescentnimi barvili. Laser znotraj instrumenta, imenovanega pretočni citometer, vzbudi te fluorescentne molekule, tako da oddajajo svetlobo na različnih valovnih dolžinah. Količina fluorescence lahko pokaže, kolikšen odstotek različnih tipov celic je prisotnih v vzorcu. Pretočna citometrija se uporablja v laboratorijih za različne aplikacije, vključno z raziskavami raka, imunologijo in analizo celičnega cikla.
Za izvedbo analize s pretočno citometrijo je treba suspenzijo posameznih celic obarvati s fluorescentnimi barvili, kar je mogoče izvesti v enostopenjskem ali dvostopenjskem postopku. Celični proteini so pogosto obarvani s protitelesi, usmerjenimi proti beljakovinam, ki nas zanimajo. Postopek v enem koraku vključuje obarvanje celic s protitelesi, ki so že označena s fluorescentnim barvilom. Če označena protitelesa niso na voljo, lahko celice najprej obarvamo z neoznačenim primarnim protitelesom, nato pa s fluorescenčno označenim sekundarnim protitelesom.
Ko so celice označene, so pripravljene za analizo s pretočno citometrijo. Cev, ki vsebuje suspenzijo celic, je naložena na pretočni citometer. Celice tečejo skozi instrument in potekajo pred laserjem v eni datoteki. Ko laser zadene vsako celico, se svetloba razprši v smeri naprej ali v stran. Meritve razpršenosti naprej kažejo velikost celice, medtem ko je stranski razpršenost merilo granularnosti celic.
Energija laserja vzbudi tudi fluorokromne molekule, fluorescentno barvilo, ki se uporablja za obarvanje celic. Običajni laser, ki se uporablja za pretočno citometrijo, je argon-ionski laser, ki oddaja svetlobo pri valovni dolžini 488 nanometrov (nm). Ta svetloba vzbudi molekule zelenega barvila fluorescein, ki nato oddaja svetlobo z valovno dolžino 525 nm. Fotopomnoževalne cevi (PMT) v pretočnem citometru imajo svetlobne filtre, ki zaznavajo svetlobo, ki jo oddajajo različni fluorokromi. Instrument ima lahko več PMT, ki zaznavajo svetlobo na različnih valovnih dolžinah.
Rdeča dioda, vijolična dioda ali He-Ne (helij-neon) so drugi laserji, ki se lahko uporabljajo v pretočnem citometru. Drugi fluorokromi, ki se uporabljajo pri analizi pretočne citometrije, vključujejo fikoeritrin, teksaško rdečo ali alofikocianin. Različne kombinacije laserjev in fluorokromov omogočajo raziskovalcu, da v istem poskusu zbere informacije o številnih različnih celičnih markerjih.
Programska oprema, zasnovana za uporabo s pretočnim citometrom, pomaga raziskovalcu pri vizualizaciji podatkov. Celične populacije se analizirajo z uporabo pik, gostot ali histogramov. Okoli celic, ki nas zanimajo, je mogoče narisati regije, intenzivnost fluorescence pa lahko pokaže odstotek različnih celic v vzorcu.