Pomanjkanje vitamina B6 je posledica tega, da se ta vitamin v telesu absorbira zaradi bolezni, zdravil ali nenavadno hitrega metabolizma. Vitamin B6 v človeškem telesu obstaja kot piridoksin, piridoksal in piridoksamin. To so njegove tri naravne oblike, ki jih človeško telo pretvori v biološko aktivne. Najdemo ga tudi v hrani rastlin in živali ter je kofaktor pri presnovi nekaterih aminokislin, lipidov in ogljikovih hidratov. Vitamin B6 je ključnega pomena tudi za biosintezo nukleinskih kislin.
Pomanjkanje vitamina B6 je redko, saj je prisoten v toliko živilih. Živila, ki so še posebej bogata z vitaminom B6, so pšenica, kvas, soja, sončnična semena in orehi. Ko je hrana kuhana, se del tega vitamina ubije. Zdravljenje pomanjkanja vitamina B6 mora vključevati uživanje dodatnih količin teh živil. Možnost zdravljenja je tudi peroralna kapsula vitamina B6. Najboljše zdravljenje pa je odpraviti vzrok pomanjkanja.
Ljudje, ki so depresivni, pogosto doživljajo simptome pomanjkanja vitamina B6, saj ta vitamin močno uravnava motnje razpoloženja. Vitamini B1-B5 vplivajo tudi na razpoloženje in duševno zdravje, zato morajo bolniki, ki doživljajo depresijo ali podobna stanja, poiskati vitaminske dodatke. Poleg tega je pomanjkanje vitamina B6 običajno prisotno pri ženskah, ki jemljejo kontracepcijo ali estrogen. Vitamin B6 se pogosto jemlje za predmenstrualni sindrom (PMS), vendar je treba zaužiti le majhne, nadzorovane odmerke.
Zdravila, kot so penicilin, izoniazid in hidralazin, medsebojno delujejo s piridoksalnim fosfatom v telesu, kar povzroča pomanjkanje vitamina B6. Polinevropatija ali nevrološka težava, ki se pojavi, ko več perifernih živcev v telesu preneha delovati hkrati, se lahko pojavi po daljšem uživanju velikih odmerkov vitamina B6. Drugi simptomi pomanjkanja vitamina B6 so anemija, epileptični napadi, šibkost, nespečnost, agresija in duševna zmedenost. Redko je izguba vitamina B6 težava pri otrocih ali dojenčkih, ki imajo izjemno hitro presnovo, najpogostejši znaki pomanjkanja vitamina B6 pri majhnih otrocih pa so krči. Čeprav noben posamezen test ne more izmeriti ravni vitamina B6, je merjenje piridoksalfosfata najlažji način za testiranje tega vitamina v telesu.
Jemanje dodatnega piridoksina običajno lahko odpravi pomanjkanje vitamina B6. Bolniki, ki zaradi hitre presnove občutijo pomanjkanje tega vitamina, morajo jemati več piridoksina. Vzpostavitev ustrezne ravni vitamina B6 v telesu je počasen proces in nekateri bolniki nikoli ne dosežejo priporočenih ravni.