Poliakrilamidni gel je raztopina, ki se običajno uporablja v elektroforezi, procesu ločevanja različnih velikih molekul ali delcev s prehajanjem skozi gel in uporabo električnega toka. Obstajajo različni recepti za poliakrilamidni gel, vendar običajno vsebuje akrilamid, vodo, pufer, amonijev persulfat (APS) in tetrametiletilendiamin (TEMED). Ta gel deluje kot matrica, ki ločuje spojine glede na njihov naboj in velikost; več kot je akrilamida v raztopini gela, boljše je ločevanje manjših molekul. Običajno se ta gel uporablja za ločevanje beljakovin in DNK.
Pri elektroforezi električno polje povzroči, da se nabiti delci premikajo skozi gel, ki deluje kot sito, da povzroči ločevanje delcev različnih velikosti. Gel bo absorbiral vso toploto, ki nastane zaradi električnega toka. V tem postopku se običajno uporablja poliakrilamidni gel, lahko pa se uporabi tudi agaroza, druga kemikalija, ki ustvarja podoben gel.
Geli so lahko izdelani v različnih koncentracijah, pri čemer se količina akrilamida giblje od približno 6% do 15%. Pri mešanju gela je akrilamid nepolimeriziran, kar pomeni, da ostane kot posamezne molekule. Dodajanje drugih kemikalij, ki spodbujajo vezavo, kot je TEMED, povzroči, da se molekule povežejo skupaj in tvorijo dolge verige – “poli” del poliakrilamida.
Glavna prednost poliakrilamidnega gela je, da je mogoče število povezovalnih vezi in trdoto nadzorovati glede na začetno količino dodanega akrilamida in TEMED. Glavni dejavnik koncentracije akrilamida je velikost analizirane molekule. Manjše kot so spojine, ki jih ločimo, več akrilamida je potrebno; zelo majhne delce ločimo z najvišjo koncentracijo, 15 odstotkov.
Akrilamid deluje tako, da nadzoruje količino trenja v gelu; trdota gela določa količino trenja. Velike spojine se bodo premikale skozi gel počasneje, saj je zaradi njihove velikosti naravno več trenja ali upora. Manjše spojine se premikajo hitreje, saj je manj trenja. Da bi preprečili, da bi se majhne spojine premaknile z gela, dodamo več akrilamida, da se ustvari več trenja.
DNK poliakrilamidni gel se uporablja za ločevanje verig DNK različnih dolžin. Delčki DNK se bodo ločili za samo en nukleotid, spojine, ki sestavljajo vsako verigo. Da bi vedeli, kateri kosi se nanašajo na določene velikosti, se običajno skupaj z vzorci izvaja standard, ki vsebuje delce znane velikosti. Nato se deli DNK primerjajo s standardom in določi se velikost verige.
Podoben postopek se uporablja za določanje velikosti beljakovin, najpogosteje tistih v krvi. Kri vsebuje dve glavni vrsti beljakovin: globulin, veliko beljakovino, in serumski albumin, zelo majhen, negativno nabit protein. Za določitev količine vsake vrste se uporablja ločevanje z uporabo poliakrilamidnega gela.