Masni spektrometer s plinskim kromatografom (GCMS) združuje plinsko kromatografijo in masno spektrometrijo za identifikacijo in kvantificiranje snovi. Postopek se začne tako, da se preučevana snov razredči s plinom ali tekočino in vnese v stroj. GCMS loči snov na komponente, ki jih računalnik identificira. Masni spektrometri s plinskim kromatografom imajo široko paleto uporab, vključno s preiskavami prepovedanih drog, odkrivanjem okolja in medicinsko diagnozo.
Plinska kromatografija ali GC faza analize običajno vključuje namestitev vzorca v portal injektorja. Snov se lahko raztopi v vodni raztopini in injicira v komoro s podkožno iglo. Ko je v komori iz stekla ali nerjavnega jekla, spojina potuje v pečico, kjer se pretvori v plin.
Postopno zvišanje temperature povzroči, da se spojina razbije na svoje sestavne dele, zapusti komoro in prehaja s spremenljivo hitrostjo v detektor. Električno napolnjeni delci sprožijo elektronski signal. Večja kot je koncentracija delcev, močnejši je ustvarjen signal.
Te signale nato analizira računalniška programska oprema. Računalnik izdela kromatogram z vrhovi, ki označujejo retenzijske čase in intenzitete signala spojin. Poznavanje retencijskih časov različnih kemičnih spojin omogoča raziskovalcem, da jih identificirajo.
Nadaljnja analiza poteka v masnem spektrometru. Ko spojine vstopijo v spektrometer, naletijo na niz elektronov ali plina. Pojavi se ionizacija, ki razbije spojino na fragmente, od katerih ima vsak določeno atomsko maso. Ti fragmenti se analizirajo s pripravo razmerja med masnim fragmentom in nabojem ali M/Z.
Te informacije se prenesejo na računalnik z masnim spektrometrom plinskega kromatografa, ki oblikuje graf z vrhovi na podlagi M/Z glede na intenzivnost signala. Računalniška programska oprema običajno vključuje bazo podatkov o znanih razmerjih M/Z in intenzitetah signalov za različne kemične molekule. Računalnik identificira snovi in primerja pridobljene informacije s knjižnico znanih snovi. Masni spektrometer plinskega kromatografa lahko dokonča vsako fazo analize posamezno ali hkrati. Odvisno od želene stopnje podrobnosti lahko dokončanje postopka traja 20 minut ali več kot 20 ur.
Organi pregona uporabljajo plinski kromatograf masni spektrometer, ko sumijo na prisotnost prepovedanih drog ali strupenih snovi. Okoljske agencije uporabljajo tehnologijo za analizo vzorcev zraka, tal ali vode za odkrivanje možnih onesnaževal. Zdravstveni delavci uporabljajo GCMS na vzorcih urina za odkrivanje kemičnih spojin, ki jih najdemo pri posameznikih z določenimi presnovnimi motnjami.