Leta 1620, ko so romarji prispeli v Novo Anglijo, se je v bližini reke Temze v Connecticutu nahajalo pleme Pequot. Pequoti so bili pod vodstvom sachema ali glavnega poglavarja po imenu Sassacus. V plemenu, ki ga je vodil podpoglavar po imenu Uncas, je prišlo do upora glede tega, kako se odzvati na evropsko naselje. Uncas je prekinil s Piquetom in odpeljal svoje privržence v drugo vas, kjer je ustanovil pleme Mohegan Indijancev. Uncas je sklenil zavezništvo z belimi naseljenci in po porazu Pequotov v vojni Pequot leta 1637 je postal poglavar tako Moheganov kot preostalih Pequotov.
Tako kot drugi domorodci s severa je tudi pleme Mohegan živelo ob vodi v wigwamih in dolgih hišah, zgrajenih iz drogov, pokritih z lubjem. Lovili so, lovili ribe, kmetovali in potovali v kanujih iz brezovega lubja. Ostali so zavezniki Angležev proti Francozom in so uspeli ohraniti svojo zemljo in avtonomijo dlje kot številni njihovi sosedje, vendar so sčasoma velik del njihove zemlje zavzeli beli naseljenci.
V osemnajstem stoletju se je veliko članov Mohegana spreobrnilo v krščanstvo. Samson Occum je bil eden prvih Indijancev, ki je postal posvečen krščanski duhovnik. Začel je krščansko indijsko šolo in nekaj časa preživel v Angliji, ko je zbiral denar od kralja in drugih pokroviteljev za podporo organizaciji. Vrnil se je v kolonije in ugotovil, da je bila njegova šola prevzeta in se preselil v New Hampshire, kjer je sčasoma postala Dartmouth College.
Leta 1827 je zvezna vlada zahtevala preselitev vseh neciviliziranih in nekrščanskih plemen na zahodna ozemlja. Ena zapuščina, ki jo je Samson Occum zapustil svojemu ljudstvu, je bil sloves krščanskega plemena. Da bi to okrepili, so tri plemenske ženske ustanovile cerkev Mohegan, pleme Mohegan pa je bilo izvzeto iz prisilne preselitve.
Pleme Mohegan je leta 1994 prejelo zvezno priznanje kot neodvisna država in končno poravnalo svoje zemljiške zahtevke s Connecticutom. Narod ima ustavo in ga vodita demokratično izvoljeni devetčlanski plemenski svet in sedemčlanski svet starejših. Plemenski svet nadzira sodne in kulturne zadeve ter ima zakonodajno oblast nad plemenskim članstvom in vpisom. Svet starejših ima tako izvršilno kot zakonodajno oblast na področjih, določenih v ustavi. Pleme ima dve sodišči: sodišče za spore o igrah na srečo Mohegan, ki obravnava zadeve v zvezi z igrami na srečo, in plemensko sodišče Mohegan, ki obravnava vsa vprašanja, ki niso povezana z igrami na srečo.
Dolga dediščina družbenokoristnega dela in sodelovanja je še vedno zelo dejavna v plemenu Mohegan. Imajo veliko igralniško letovišče, zdravilišče ter jedilnico in maloprodajno območje, imenovano Mohegan Sun, ki zagotavlja delovna mesta številnim članom plemena. Pleme uporablja zaslužene prihodke za preživljanje lastnih stanovanj in drugih potreb. Vsako leto pleme vrne tri četrtine svoje zvezne denarne dodelitve, da bi jo prerazporedili drugim indijskim narodom, ki so v večji stiski.
Poleg tega sta se pleme Mohegan in pleme Pequot, ki imata v lasti dve indijski igralnici v državi, prostovoljno dogovorila, da bosta 25 % svojega zaslužka na igralnih avtomatih namenila državi Connecticut namesto 8 % davka na igre na srečo. Posledično plemena dejansko plačajo dvakrat več, kot bi bil njihov davek od dohodkov pravnih oseb, in so poleg zvezne vlade največji vir prihodka za državo. Pleme Mohegan verjame, da je dolžno skrbeti za svoje, in je dalo številne donacije in donacije šolam, bolnišnicam in drugim skupnostnim službam.