Pravi paradižnikov kis je narejen tako, da se paradižnikov sok fermentira in pusti starati. Postopek za izdelavo te vrste kisa je enak kot se uporablja za izdelavo bolj običajnih kisov, kot sta vinski ali žitni kis. Paradižnikov kis ima močan okus po paradižniku, ki se odlično poda k jedem na osnovi paradižnika, kot so paradižnikove omake. Paradižnikov kis je mogoče pripraviti tudi tako, da svež paradižnikov sok dodate drugim kisom, na primer balzamičnemu ali rdečemu vinskemu kisu, da bi ti kisi imeli okus po paradižniku.
Glavna sestavina pravega paradižnikovega kisa je paradižnikov sok. Ta sok je narejen tako, da paradižniku odstranimo lupino in nato stisnemo sok iz mesa. Sok je mogoče uporabiti naravnost ali kuhati z vodo. Za izdelavo kisa lahko uporabite katero koli vrsto paradižnika, različne sorte pa bodo naredile kis z nekoliko drugačnimi okusi.
Ko je sok pripravljen, mu je treba dodati kvas. Kvas je enocelični živi organizem, ki se prehranjuje s sladkorjem v soku. Kot odpadni produkt kvas izloča alkohol. Vsi kisi so narejeni tako, da se sok ali kaša najprej pretvori v alkoholno pijačo. Traja nekaj tednov, da paradižnikov sok vsebuje dovolj alkohola, da ga pretvori v kis.
Ko se paradižnikov sok spremeni v paradižnikovo vino, ga je treba izpostaviti zraku, da se alkohol lahko spremeni v ocetno kislino. Ta proces lahko pospešimo z dodajanjem matice kisa, ki je želatinasta snov, ki je napolnjena z vrsto bakterij, ki uživajo alkohol in izločajo ocetno kislino. Vsi kisi bodo med fermentacijo naravno tvorili lastno mamo, kar bo olajšalo izdelavo nove serije paradižnikovega kisa iz stare serije. Medtem ko se paradižnikovo vino spremeni v paradižnikov kis, ga je treba hraniti na toplem, izpostaviti zraku in običajno pokriti s krpo, da ne bo tujkov.
Paradižnikov kis je pripravljen po približno enem mesecu. Mati kisa je treba popolnoma precediti, da kis ne bo še naprej kisal. Ko je kis pripravljen, ima močan okus po paradižniku, podoben okusu posušenih paradižnikov. Lahko ga dodamo testeninam, juham, solatnim prelivom ali mesu, da damo tem vrstam jedi kiselkast, paradižnikov okus.