Ekološka vanilija se običajno nanaša na zrna vanilije, pridelana z uporabo ekoloških metod, ali na ekstrakt vanilije, narejen z uporabo takšnih zrn in ob upoštevanju nadaljnjih ekoloških smernic. Medtem ko lahko podjetje trdi, da je vanilija ekološko pridelana, ima večina podjetij svojo vanilijo certificirano kot ekološko pri vladni agenciji. S takšnim certificiranjem se ukvarjajo različne agencije v različnih državah; v ZDA to običajno obravnava Uprava za hrano in zdravila (FDA). Ekološko vanilijo je običajno treba gojiti brez uporabe neekoloških gnojil, pri gojenju in predelavi takšne vanilije pa je običajno prepovedana uporaba pesticidov in drugih kemikalij.
Vsakdo, ki se zanima za nakup ekološke vanilije, v obliki zrn ali ekstrakta, bi moral razmisliti o certificiranju katerega koli podjetja, ki prodaja takšno vanilijo. Vanilijev fižol se lahko goji v številnih državah na različnih koncih sveta; večja podjetja, ki distribuirajo vanilijev fižol ali ekstrakt, pogosto prejemajo vanilijo s številnih majhnih kmetij. To lahko mnogim podjetjem oteži nadzor in spremljanje metod pridelave in predelave takšnih kmetij. Ker se te kmetije nahajajo tudi v različnih državah, nekatere vladne agencije, ki nadzorujejo certificiranje ekološke vanilije, morda niso prisotne v teh državah.
To pomeni, da je ustrezen pregled kmetijskih praks za certificiranje ekološke vanilije lahko precej težaven, zato bi morali biti previdni vsi, ki želijo kupiti takšno vanilijo. Večina podjetij zagotavlja informacije o tem, kako je vanilija, ki jo prodajajo, certificirana, vključno z vrsto certifikata in imenom certifikacijske agencije. Vladne agencije, ki certificirajo ekološka živila, kot je FDA, pogosto posredujejo informacije o takih postopkih certificiranja prek interneta ali tako, da se obrnejo na agencijo. To omogoča ljudem, da lažje primerjajo različne vrste ekološke vanilije in tako zagotovijo, da vanilija, ki jo kupijo, izpolnjuje njihova pričakovanja.
Ekološka vanilija se običajno goji samo z ekološkimi proizvodi in brez dodatkov kemikalij ali močnih pesticidov. Gnojilo se morda sploh ne uporablja za pridelavo ekoloških proizvodov, čeprav lahko nekateri pridelovalci uporabljajo samo naravna in organska gnojila, da zagotovijo zdravo upravljanje zemljišč brez vnosa potencialno škodljivih kemikalij. Pesticidi so pogosto glavni vir polemik med pridelovalci in potrošniki, večina ekoloških pridelovalcev pa ne uporablja pesticidov ali pa uporablja samo ekološke pesticide, ki se zlahka sperejo s hrane. Ekološka zrna vanilije se nato posušijo in predelajo brez kakršnih koli drugih anorganskih dodatkov, ekstrakt vanilije, narejen na ekološki način, pa za proizvodnjo ekstrakta uporablja samo organski alkohol.